肝内胆管结石治疗难易程度受多种因素影响，其是因人而异的。
如果结石体积小、数量少且局限于一肝段或肝叶胆管内，可通过内镜逆行胰胆管造影联合十二指肠乳头括约肌切开取石术等微创方法治疗，对肝脏组织损伤小，手术操作简单，术后恢复快，相对好治疗。当结石广泛分布于肝内胆管，累及多个肝叶、肝段且体积大时，治疗难度增加，可能需复杂肝叶切除手术，手术风险高，对肝脏功能影响大，术后易出现肝功能异常、胆汁瘘等并发症，恢复漫长复杂，不好治疗。
但是，如果肝内胆管无明显狭窄，结石取出顺畅，可采用经皮肝穿刺胆道镜取石术等多种取石手段，手术创伤小，患者耐受性好，治疗效果理想，相对好治疗。
而肝内胆管存在狭窄时，结石易卡顿，增加取石难度，处理结石还需解决胆管狭窄问题，可能需进行胆管成形术等复杂操作，手术技术要求高，术后复发率高，治疗过程棘手，不好治疗。
