自身免疫性肝病通过自身抗体检测、肝功能检查、影像学检查（腹部超声、CT、MRI及MRE）、肝活检病理检查进行诊断。自身抗体检测中不同自身抗体对不同自身免疫性肝病有诊断价值，肝功能检查可反映肝细胞损伤及合成功能等情况，影像学检查能观察肝脏形态及评估肝纤维化程度，肝活检病理可明确不同自身免疫性肝病的组织学特征，诊断流程为先初步评估病史和体征，再综合实验室及影像学检查初步判断，不明确时靠肝活检病理确诊，且不同年龄、性别等因素会影响相关检查及诊断。
肝功能检查：血清转氨酶（如丙氨酸氨基转移酶ALT、天冬氨酸氨基转移酶AST）常明显升高，AIH患者ALT、AST可高达正常上限的数倍甚至数十倍，反映肝细胞炎症损伤程度；胆红素水平也会异常，病情较重时总胆红素、直接胆红素等可升高；白蛋白水平在慢性自身免疫性肝病患者中常降低，反映肝脏合成功能受损；γ-球蛋白尤其是IgG常显著升高，是自身免疫性肝病的重要血清学特征之一。
自身免疫性肝病的影像学检查
腹部超声：可观察肝脏的大小、形态、实质回声等情况，自身免疫性肝病患者早期可能肝脏大小正常或轻度增大，晚期可出现肝脏缩小、实质回声增粗等改变；还能发现是否存在脾大、门静脉高压相关的血管改变等，如门静脉、脾静脉增宽等。
CT检查：能更清晰显示肝脏的细微结构，对于判断肝脏的形态、有无占位性病变等有帮助，自身免疫性肝病患者CT表现可能有肝脏密度改变、肝叶比例失调等，有助于与其他肝脏疾病鉴别。
磁共振成像（MRI）及磁共振弹性成像（MRE）：MRI对肝脏病变的分辨率较高，能更准确判断肝脏的病变范围和性质；MRE可定量评估肝脏硬度，对于评估自身免疫性肝病患者肝纤维化程度有重要价值，能早期发现肝纤维化进展情况，不同年龄、性别患者的肝纤维化程度可能因自身免疫反应强度、基础健康状况等因素有所不同，而生活方式如饮酒等会加重肝脏损伤，影响MRE评估结果。
自身免疫性肝病的肝活检病理检查
病理组织学特征：自身免疫性肝炎的病理表现主要为界面性肝炎，可见门静脉周围及汇管区大量淋巴细胞、浆细胞浸润，并向肝实质内延伸形成界面炎，可伴有肝细胞凋亡、玫瑰花结形成等；原发性胆汁性胆管炎（PBC）的病理特征主要是肝内小胆管非化脓性破坏性胆管炎，汇管区可见淋巴细胞、浆细胞浸润，随后出现小胆管破坏、消失，伴有胆管反应等；原发性硬化性胆管炎（PSC）的病理表现为肝内、外胆管壁增厚、纤维化，管腔狭窄，肝脏实质可见碎屑样坏死、桥接坏死等，不同年龄患者的病理表现可能因免疫系统发育及疾病进展速度等因素有差异，女性患者可能在自身免疫反应的易感性等方面与男性有所不同，有自身免疫性疾病病史的患者发生自身免疫性肝病的病理表现可能更具复杂性。
自身免疫性肝病的诊断流程
初步评估：首先详细询问患者病史，包括既往是否有自身免疫性疾病史、家族中是否有自身免疫性疾病患者、用药史（尤其是可能损伤肝脏的药物）、饮酒史、症状表现（如乏力、黄疸、腹痛等）。然后进行全面的体格检查，观察有无肝病面容、黄疸、肝脾肿大等体征。
实验室及影像学检查综合分析：依据实验室检查中自身抗体、肝功能的结果以及影像学检查所见，初步判断是否存在自身免疫性肝病的可能，并初步区分是哪种类型的自身免疫性肝病。例如，ANA、SMA阳性结合ALT显著升高多提示AIH；抗线粒体抗体（AMA）M2亚型阳性高度提示PBC；血清碱性磷酸酶（ALP）明显升高结合胆管影像学改变多考虑PSC。
肝活检病理确诊：对于诊断不明确或需要进一步明确病情严重程度、肝纤维化程度等情况时，肝活检病理检查是重要的确诊手段，通过对肝组织的病理形态学观察，结合临床及实验室检查结果，最终明确自身免疫性肝病的具体类型及病情阶段，不同年龄患者进行肝活检时需考虑其耐受性等因素，女性患者在操作过程中需给予充分人文关怀，有凝血功能异常等病史的患者进行肝活检需提前做好凝血功能纠正等准备工作以降低出血风险。
