儿童矮小症的影响因素众多，包括遗传因素（家族性矮小与基因缺陷等有关）、内分泌因素（生长激素缺乏或分泌不足、甲状腺功能减退影响生长）、营养因素（摄入不足或过剩均可能导致）、疾病因素（慢性疾病及骨骼疾病阻碍生长）、其他因素（精神心理因素及生活方式因素如睡眠不足、缺乏运动影响生长）。
内分泌因素
生长激素缺乏或分泌不足：生长激素是促进骨骼生长和身体发育的重要激素。垂体前叶分泌生长激素不足会导致儿童生长缓慢。例如特发性生长激素缺乏症，病因可能与下丘脑-垂体功能异常有关，下丘脑分泌的生长激素释放激素减少或垂体对生长激素释放激素的反应异常等，使得生长激素分泌不足，进而影响骨骼的生长和身体各部分的发育，导致身材矮小。
甲状腺功能减退：甲状腺激素对儿童的生长发育也至关重要，它参与机体的新陈代谢和生长发育过程。当儿童甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会导致生长迟缓，除了身材矮小外，还可能伴有智力发育迟缓、面色苍白、皮肤粗糙等表现。这是因为甲状腺激素缺乏会影响细胞的代谢和生长，包括骨骼的生长板发育等，从而阻碍儿童的正常生长。
营养因素
营养摄入不足：儿童处于生长发育的关键时期，需要充足均衡的营养供应。如果长期摄入的蛋白质、能量、维生素、矿物质等营养物质不足，会影响身体的正常生长。例如蛋白质是身体细胞的重要组成部分，缺乏蛋白质会影响身体的生长和修复；钙、磷等矿物质是骨骼发育的重要原料，缺乏会导致骨骼发育不良，进而引起身材矮小。对于饮食不均衡、挑食、偏食的儿童，容易出现营养摄入不足的情况，需要及时调整饮食结构，保证营养的全面摄入。
营养过剩：部分儿童由于过度摄入高热量食物，导致肥胖，而肥胖可能会影响内分泌系统，进而影响生长发育。例如肥胖儿童可能存在胰岛素抵抗等情况，影响生长激素的分泌和作用，导致生长速度减慢，甚至出现矮小症的倾向。所以合理控制儿童的体重，避免营养过剩也是预防矮小症的重要方面。
疾病因素
慢性疾病：一些慢性疾病会影响儿童的生长发育，如先天性心脏病、慢性肾病、哮喘等。以慢性肾病为例，患儿由于肾功能受损，会影响体内激素的代谢和营养物质的排泄等，导致生长迟缓。慢性疾病会使身体处于一种慢性消耗的状态，影响营养的吸收和利用，同时疾病本身也会干扰内分泌等系统的正常功能，从而阻碍儿童的生长。
骨骼疾病：如软骨发育不全，这是一种遗传性的骨骼发育异常疾病，主要是由于基因突变导致软骨细胞的发育和功能异常，使得长骨的生长受到限制，表现为四肢短小，身材矮小，但智力发育一般正常。其他如先天性骨发育不良等骨骼疾病也会影响骨骼的正常生长和发育，导致身材矮小。
其他因素
精神心理因素：长期的精神压抑、紧张等不良心理状态也可能影响儿童的生长发育。例如孤儿院或家庭环境不和谐的儿童，由于缺乏良好的心理关怀和稳定的生活环境，可能会出现生长激素分泌减少等情况，从而导致生长缓慢。这是因为精神心理因素会通过神经内分泌系统影响生长激素的分泌等，进而影响身体的生长。对于这类儿童，需要给予心理上的支持和关怀，营造良好的生活环境，促进其身心健康和正常生长。
生活方式因素：缺乏充足的睡眠也会影响儿童的生长。生长激素在夜间睡眠时分泌旺盛，尤其是深度睡眠时分泌量更高。如果儿童长期睡眠不足，会影响生长激素的正常分泌，进而影响生长发育。此外，缺乏运动也不利于儿童的骨骼和肌肉发育，运动可以刺激骨骼的生长板，促进骨骼的生长和发育，长期缺乏运动可能导致身材矮小。
