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矮小病因很多，第一，营养状态较差，如果长期吃不好、营养不好会导致孩子的生长比较慢。
第二，长期睡眠不好，睡眠不好也会导致精神状态较差。
第三，如果长期精神压抑、不愉快，也会影响生长发育。
矮小症和疾病也相关，比如患有遗传代谢性疾病，例如肾功能不好、患有艾滋病、存在免疫缺陷、经常生病、存在染色体的病变、生长激素缺乏、甲状腺功能缺乏，甚至下丘脑垂体生长中枢存在基因突变都可以导致上游生长激素的缺乏，引起矮小症。
矮小症的病因非常复杂的，也可能与本身骨代谢异常、骨头畸形、成骨不良或是先天性软骨发育不全等疾病有关，都可以引起身材矮小。
