诊断矮小症需进行体格检查、实验室检查和影像学检查。体格检查测量身高体重并观察体型外貌；实验室检查包括血液生化的GH激发试验、甲状腺功能、性激素、IGF-1及IGFBP-3测定和基因检测；影像学检查有左手腕部X线片测骨龄和垂体MRI看垂体情况。
一、体格检查
1.身高体重测量：准确测量儿童的身高、体重，并计算身高标准差分值（HtSDS）、体重标准差分值（WTSDS）等，通过与同年龄、同性别正常儿童生长曲线对比，初步判断是否存在矮小情况。不同年龄阶段儿童正常身高范围不同，例如3岁男童正常身高约91.1~98.7cm，女童约90.2~97.5cm，若儿童身高明显低于同年龄、同性别正常儿童均值2个标准差（-2SD）以下，需考虑矮小症可能。
2.体型与外貌观察：观察儿童体型、外貌特征，如是否存在头面部畸形、骨骼畸形、第二性征发育情况等。例如先天性甲状腺功能减退症患儿可能有特殊面容，表现为头大、颈短、皮肤粗糙、面色苍黄等；Turner综合征患儿可能有颈蹼、后发际低、肘外翻等表现。
二、实验室检查
1.血液生化检查
生长激素（GH）激发试验：由于随机GH测定值波动较大，常需做GH激发试验来评估垂体分泌GH的功能。常用的激发试验有胰岛素低血糖激发试验、精氨酸激发试验、可乐定激发试验等。例如胰岛素低血糖激发试验是通过注射胰岛素使血糖迅速下降，刺激垂体分泌GH，正常儿童注射后GH峰值应>10μg/L，若GH峰值<5μg/L提示GH完全缺乏，5~10μg/L提示GH部分缺乏。
甲状腺功能检查：包括血清甲状腺素（T4）、三碘甲状腺原氨酸（T3）、促甲状腺激素（TSH）测定。甲状腺功能减退可导致生长发育迟缓，引起矮小症，若TSH升高，T4、T3降低，提示原发性甲状腺功能减退；若TSH降低，T4、T3降低，提示中枢性甲状腺功能减退。
性激素检查：对于青春期发育的儿童，检测性激素水平有助于判断青春发育的状况。例如女童检测雌二醇、睾酮等，男童检测睾酮等，若性激素水平提示青春发育提前或延迟，可能影响最终身高。
胰岛素样生长因子-1（IGF-1）及胰岛素样生长因子结合蛋白-3（IGFBP-3）测定：IGF-1是反映GH-IGF-1轴功能的重要指标，IGF-1水平受年龄、营养等因素影响，儿童时期IGF-1随年龄增长而升高。IGFBP-3与IGF-1结合，可稳定IGF-1的水平，二者联合测定对矮小症的病因诊断有重要意义。例如GH缺乏性矮小症患儿IGF-1和IGFBP-3水平常降低。
2.基因检测：对于怀疑有遗传性疾病导致的矮小症，如先天性卵巢发育不全综合征（Turner综合征）、先天性睾丸发育不全综合征（Klinefelter综合征）、垂体发育异常相关基因缺陷等情况，需进行基因检测。例如Turner综合征患儿可检测到X染色体相关基因异常，如X染色体短臂缺失等。
三、影像学检查
1.左手腕部X线片：通过左手腕部X线片测定骨龄，骨龄能反映骨骼的生长发育成熟程度。正常情况下，骨龄与实际年龄应相符或相差在1岁以内。例如骨龄明显落后于实际年龄，可能提示生长激素缺乏症、甲状腺功能减退等疾病；骨龄超前可能与真性性早熟等有关。不同年龄儿童左手腕部骨化中心出现情况不同，例如3岁儿童左手腕部一般有头状骨、钩骨、3个指骨骨化中心等。
2.垂体磁共振成像（MRI）：垂体MRI可了解垂体的形态、大小及结构，有助于发现垂体发育异常、肿瘤等病变。例如垂体微腺瘤、垂体发育不良等可通过垂体MRI检查发现，这些病变可能影响GH的分泌，从而导致矮小症。
