新生儿胃穿孔的原因包括先天性因素和获得性因素。先天性因素有胃肠道发育缺陷（如胃壁肌层等结构发育不完善、幽门十二指肠区域发育异常）和肺发育不全相关因素（肺发育不全致胸腔内压力异常影响胃）；获得性因素包括喂养因素（过度喂养、不合理喂养方式）、感染因素（严重全身性感染累及胃肠道、胃肠道局部感染如坏死性小肠结肠炎累及胃）及其他因素（腹部外伤、全身性疾病导致的代谢紊乱等）。
1.胃肠道发育缺陷
胚胎期胃肠道发育过程中出现异常是导致新生儿胃穿孔的重要先天性因素。在胚胎早期，胃肠道的正常形成需要精确的细胞分化、增殖和组织重塑等过程。如果在这个过程中，胃壁肌层、浆膜层等结构发育不完善，就可能存在薄弱区域。例如，胃壁肌层先天性缺失或发育不良，使得胃壁的抗压力能力下降。在新生儿出生后，胃内有一定量的气体和液体，胃内压力升高时，薄弱的胃壁区域就容易发生穿孔。有研究表明，约半数以上的新生儿胃穿孔病例存在不同程度的胃肠道发育缺陷相关因素。
幽门十二指肠区域的发育异常也可能间接影响胃的状况。如果幽门狭窄或十二指肠梗阻，会导致胃内压力异常增高，进而增加胃穿孔的发生风险。因为胃内食物和气体无法正常通过狭窄或梗阻的部位，在胃内不断积聚，使胃壁承受的压力逐渐增大，超过了胃壁正常的耐受范围，从而引发穿孔。
2.肺发育不全相关因素
新生儿肺发育不全时，可能会导致胸腔内压力异常。正常情况下，胸腔和腹腔的压力处于相对平衡的状态，当肺发育不全时，胸腔内压力降低，腹腔内压力相对增高，这种压力差的改变可能会影响胃的正常结构和功能。肺发育不全可能是由于胚胎时期肺芽发育障碍等原因引起，它会干扰正常的胚胎发育过程中的压力平衡，使得胃受到异常的压力影响，增加胃穿孔的发生几率。有临床观察发现，伴有肺发育不全的新生儿发生胃穿孔的概率明显高于肺发育正常的新生儿群体。
获得性因素
1.喂养因素
过度喂养是一个可能的获得性因素。新生儿的消化系统尚未发育成熟，胃容量较小。如果喂养频率过高或每次喂养的奶量过大，会使胃过度充盈，胃内压力迅速升高。例如，一些新生儿因为家长缺乏正确的喂养知识，频繁喂奶或一次喂奶量过多，导致胃内压力超过胃壁所能承受的范围，从而引发胃穿孔。有研究统计，在因喂养不当导致胃穿孔的病例中，约三分之一的患儿存在过度喂养的情况。
不合理的喂养方式也可能导致胃穿孔。比如喂奶后立即让新生儿平卧，且频繁翻动新生儿等，这些行为可能会影响胃内食物和气体的正常排空，增加胃内压力。新生儿胃的贲门括约肌相对松弛，幽门括约肌相对紧张，如果喂奶后体位不当，容易使胃内食物反流，同时气体也不易排出，进一步升高胃内压力，长期如此可能诱发胃穿孔。
2.感染因素
严重的全身性感染可能累及胃肠道，导致胃穿孔。例如新生儿败血症，细菌及其毒素可以通过血液循环到达胃肠道，引起胃肠道黏膜的炎症、坏死等病变。细菌感染会破坏胃壁的组织结构，使胃壁的完整性受到破坏，最终导致胃穿孔。有临床数据显示，约15%-20%的新生儿胃穿孔与感染因素相关，尤其是严重的全身性感染未能得到及时控制时，胃穿孔的发生风险显著增加。
胃肠道局部的感染，如坏死性小肠结肠炎累及胃的情况，也可能引发胃穿孔。坏死性小肠结肠炎会导致胃肠道黏膜的缺血、坏死，炎症可蔓延至胃，使胃壁组织受到破坏，从而发生穿孔。这种感染性因素引起的胃穿孔在新生儿中也较为常见，其发病过程中炎症的持续刺激和组织的破坏是关键的病理环节。
3.其他获得性因素
腹部外伤虽然相对较少见，但也是新生儿胃穿孔的获得性因素之一。例如在新生儿护理过程中，不恰当的搬动或受到外界轻微的撞击等，可能会导致胃壁的损伤，进而引发穿孔。不过这种情况在新生儿胃穿孔中所占比例相对较小，但一旦发生，病情往往较为危急。
某些全身性疾病导致的代谢紊乱也可能与胃穿孔有关。例如新生儿低血糖，如果未能及时纠正，可能会影响胃肠道的正常功能，导致胃肠道黏膜的营养供应不足，影响胃壁的正常结构和功能，使胃壁抵抗力下降，增加胃穿孔的发生风险。还有电解质紊乱，如严重的低血钾等，会影响胃肠道平滑肌的运动功能，进而影响胃的排空和压力调节，增加胃穿孔的可能性。
