宝宝消化道出血的原因包括先天因素（如食管、胃底静脉曲张、消化道畸形等）、感染因素（如肠道细菌、病毒、寄生虫感染）、喂养及饮食因素（如牛奶蛋白过敏、喂养不当）、其他因素（如血液系统疾病、全身性疾病等）。
一、先天因素相关原因
（一）食管、胃底静脉曲张
多见于患有肝硬化等疾病的宝宝，由于门静脉高压，导致食管、胃底的静脉回流受阻，血管扩张、迂曲，容易破裂出血。例如，某些遗传代谢性疾病引发的肝硬化可能导致这种情况，患儿多有家族遗传病史相关表现，如特殊面容、生长发育迟缓等伴随症状。
（二）消化道畸形
食管闭锁伴食管气管瘘：胚胎发育过程中食管发育异常，形成食管与气管之间的异常通道，宝宝出生后就可能出现唾液过多、喂奶时呛咳、呼吸困难等表现，同时容易发生消化道出血，多在出生后早期就会有症状体现。
先天性肠旋转不良：胚胎期肠管旋转发生障碍，导致肠系膜上动脉压迫十二指肠，引起肠梗阻，同时可能伴有肠管血运障碍，出现消化道出血，患儿常表现为呕吐、腹胀等症状，且症状出现时间因个体差异有所不同，但多在婴儿早期发病。
美克尔憩室：是卵黄管退化不全形成的先天性畸形，憩室内异位的胃黏膜或胰腺组织可分泌胃酸和酶，腐蚀憩室黏膜，导致溃疡、出血，多见于2岁以下小儿，临床表现为无痛性便血，可呈间歇性发作。
二、感染因素相关原因
（一）肠道细菌感染
如沙门菌属、志贺菌属等细菌感染肠道后，可引起肠道黏膜炎症、溃疡，导致出血。宝宝可能有发热、腹泻等症状，粪便可呈脓血便等改变，感染严重程度不同，出血表现也有差异，年龄较小的婴儿感染后症状可能更不典型，易出现脱水等并发症。
（二）病毒感染
轮状病毒感染是婴幼儿腹泻的常见原因，严重的轮状病毒肠炎可导致肠黏膜损伤出血，患儿主要表现为腹泻，大便呈水样或蛋花汤样，同时可能伴有不同程度的消化道出血，多见于6-24个月的婴幼儿，发病季节多在秋冬季节。
（三）寄生虫感染
如钩虫感染，钩虫的幼虫或成虫可损伤肠道黏膜，引起出血。宝宝可能有贫血、腹痛等表现，粪便隐血试验阳性，严重时可出现黑便等明显出血症状，多有接触受污染土壤等病史，在卫生条件较差的地区或生活环境中易发生。
三、喂养及饮食因素相关原因
（一）牛奶蛋白过敏
宝宝对牛奶中的蛋白质过敏，可引起肠道黏膜炎症、水肿、出血。多见于人工喂养的婴儿，除了消化道出血表现，还可能有皮疹、呕吐、腹泻等症状，停止食用牛奶或含牛奶蛋白的食物后，症状可改善。
（二）喂养不当
过早添加辅食或添加辅食种类不合适，可能导致宝宝消化道不适应，引起胃肠功能紊乱，出现消化道出血。例如，添加不易消化的食物，可刺激肠道黏膜，导致损伤出血，多发生在辅食添加过程中，家长喂养时未遵循由少到多、由稀到稠、由一种到多种的原则。
四、其他因素相关原因
（一）血液系统疾病
血小板减少性紫癜：由于血小板数量减少或功能异常，导致凝血功能障碍，引起消化道出血。宝宝皮肤、黏膜可出现紫癜，同时有鼻出血、牙龈出血等表现，消化道出血可表现为黑便或血便，多见于婴幼儿，病情严重程度与血小板减少程度相关。
血友病：遗传性凝血因子缺乏导致的出血性疾病，可出现消化道出血，多有家族遗传病史，患儿多在轻微创伤后出现出血不止的情况，消化道出血时可表现为黑便等，发病年龄多在婴儿期或儿童早期。
（二）全身性疾病
过敏性紫癜：是一种小血管炎，累及消化道时可引起消化道黏膜出血，宝宝表现为腹痛、呕吐，可伴有血便，皮肤可出现紫癜，多见于3-10岁儿童，春秋季节发病较多，病因可能与感染、食物、药物等过敏有关。
坏死性小肠结肠炎：多发生在早产儿或有窒息、感染等情况的新生儿，肠道黏膜发生坏死、出血，病情凶险，宝宝表现为腹胀、呕吐、血便等，腹部X线检查有特征性表现，如肠壁积气等。
