血清肌酐偏低可由生理性和病理性因素及药物因素引起。生理性因素包括体型与肌肉量（体型消瘦、肌肉量少及儿童生长发育阶段易致偏低）和饮食因素（长期素食者因摄入肌酸少致肌酐生成量低）；病理性因素有肾脏疾病（肾小球滤过率下降或肾小管功能异常致肌酐排出或重吸收异常）、其他系统疾病（甲状腺功能减退使肌酸生成减少、严重肝病致蛋白质代谢紊乱使肌酐生成减少）；药物因素如西咪替丁等可能抑制肌酐肾小管分泌致测定值偏低。
一、生理性因素
1.体型与肌肉量
对于体型消瘦、肌肉量较少的人群，血清肌酐偏低较为常见。肌肉是产生肌酐的主要部位，肌酐是肌肉代谢的产物，通过肾小球滤过排出体外。一般来说，男性肌肉量多于女性，若女性体型瘦弱且肌肉含量少，其血清肌酐水平往往会低于正常男性参考值范围。例如，正常成年男性血清肌酐参考值通常在53-106μmol/L，正常成年女性血清肌酐参考值通常在44-97μmol/L，体型瘦弱肌肉少的女性就更容易出现血清肌酐偏低情况。
儿童处于生长发育阶段，不同年龄段肌肉发育程度不同，也会影响血清肌酐水平。比如婴幼儿肌肉含量相对较少，其血清肌酐水平会低于成年人参考值范围，随着年龄增长，肌肉逐渐发育，血清肌酐水平会逐渐接近成年人正常范围。
2.饮食因素
长期素食者血清肌酐可能偏低。因为肉类食物含有较多肌酸，肌酸在体内代谢可产生肌酐，而素食中肌酸含量相对较少，所以长期素食导致从饮食中摄入的肌酸减少，进而使体内肌酐生成量降低，最终血清肌酐水平偏低。例如，长期每日摄入蔬菜、水果等素食为主的人群，相较于均衡饮食（包含一定量肉类）的人群，血清肌酐更易处于偏低状态。
二、病理性因素
1.肾脏疾病
肾小球滤过率下降：某些肾脏疾病会导致肾小球滤过率下降，使得肌酐排出减少。例如慢性肾小球肾炎，疾病逐渐进展，肾小球发生炎症病变，滤过功能受损，肌酐不能被正常滤过排出，从而血清肌酐水平降低。在慢性肾小球肾炎早期，可能就会出现血清肌酐偏低的情况，随着病情加重，血清肌酐会逐渐升高。
肾小管功能异常：肾小管主要负责肌酐的重吸收等功能，当肾小管出现病变时，可能影响肌酐的重吸收，导致肌酐从尿中排出增多，进而血清肌酐降低。比如范可尼综合征，这是一种近端肾小管复合性功能缺陷疾病，可导致葡萄糖、氨基酸、磷酸盐、碳酸氢盐等多种物质重吸收障碍，也会影响肌酐的重吸收，引起血清肌酐偏低。
2.其他系统疾病
甲状腺功能减退：甲状腺功能减退时，机体代谢率降低，肌肉活动减少，肌酸生成减少，进而肌酐生成也减少，导致血清肌酐偏低。甲状腺功能减退患者除了血清肌酐偏低外，还常伴有乏力、畏寒、黏液性水肿等表现，通过甲状腺功能检查可明确诊断，如血清甲状腺素（T4）降低、促甲状腺激素（TSH）升高。
严重肝病：肝脏疾病如肝硬化等，会影响机体的代谢功能。肝脏对物质的代谢参与肌酐的生成等过程，严重肝病时，机体蛋白质代谢紊乱，肌酸合成减少，肌酐生成也相应减少，导致血清肌酐偏低。同时患者会有肝病相关表现，如肝功能异常、腹水、黄疸等。
三、药物因素
某些药物可能影响血清肌酐的测定或代谢，间接导致血清肌酐偏低。例如西咪替丁等药物，可能抑制肌酐从肾小管分泌，从而使血清肌酐测定值偏低，但这并不是真正的体内肌酐生成或排出异常改变。不过在临床用药过程中，如果患者使用了这类可能影响肌酐测定的药物，需要考虑药物对血清肌酐测定结果的干扰，必要时需综合评估患者实际的肌酐代谢情况。
