中医辨证施治便秘包括热秘、气秘、虚秘等分型，需辩证治疗。
1.热秘
证候表现为大便干结，腹胀腹痛，面红身热，口干口臭，小便短赤，舌红苔黄燥，脉滑数。
施治原则为泻热导滞，润肠通便。可选用麻子仁丸等方剂进行加减，其原理是方中麻子仁、杏仁润肠通便，芍药养阴和里，大黄、枳实、厚朴泄热通便，诸药合用共奏泻热导滞、润肠通便之功。从现代医学角度看，麻子仁丸可能通过调节肠道运动，增加肠道推进性蠕动来发挥作用，相关研究表明其能改善便秘患者的肠道动力异常情况。
2.气秘
证候表现为大便干结，或不甚干结，欲便不出，肠鸣矢气，腹中胀痛，嗳气频作，纳食减少，舌苔薄腻，脉弦。
施治原则为顺气导滞。常用六磨汤加减，方中木香、乌药顺气行滞，沉香降气，大黄、槟榔、枳实破气行滞，诸药合用能起到顺气导滞的作用。现代研究发现，六磨汤可能通过调节胃肠激素水平，影响肠道的分泌、吸收和运动功能，从而改善气秘患者的便秘症状，例如可调节与肠道动力相关的胃肠激素，使其恢复正常水平以促进肠道蠕动。
3.虚秘
虚秘可分为气虚秘、血虚秘等，气虚秘证候表现为大便并不干硬，虽有便意，但排便困难，用力努挣则汗出短气，便后乏力，面白神疲，肢倦懒言，舌淡苔白，脉弱。施治原则为益气润肠。可用黄芪汤加减，方中黄芪补脾肺之气，陈皮理气，火麻仁、白蜜润肠通便，诸药配合能达到益气润肠的效果。从现代医学角度，黄芪可能通过增强机体的免疫功能，改善肠道的血液循环，促进肠道黏膜的修复，从而有助于改善气虚引起的便秘，相关研究显示黄芪能调节肠道的微生态环境，对维持肠道正常功能有一定作用。
血虚秘证候表现为大便干结，面色无华，心悸气短，失眠多梦，健忘，口唇色淡，舌淡苔白，脉细。施治原则为养血润燥。常用润肠丸加减，方中当归、生地养血滋阴，火麻仁、桃仁润肠通便，枳壳理气，诸药合用可养血润燥。现代研究表明，当归等药物能改善机体的血液循环，对于因血虚导致肠道失于濡养引起的便秘有改善作用，例如当归能促进肠道黏膜的营养供应，有助于肠道正常功能的维持。
