导致矮小症的原因包括生长激素缺乏或分泌不足（下丘脑-垂体疾病可致）、染色体异常（如特纳综合征、克兰费尔特综合征）、先天性骨骼发育异常（软骨发育不全、成骨不全）、慢性疾病和营养不良（慢性疾病影响代谢等，营养不良缺乏营养物质）、其他内分泌疾病（甲状腺功能减退症致甲状腺激素不足，皮质醇增多症抑制生长激素）。
染色体异常
常见类型：如特纳综合征（女性），患者染色体核型为45，X0或其他变异型。由于性染色体异常，会影响性激素的分泌以及生长相关的代谢等过程，导致身高明显低于正常女性，通常伴有性腺发育不全等表现。还有克兰费尔特综合征（男性），染色体核型为47，XXY，也会出现生长发育方面的异常，身高可能高于正常男性但仍低于平均水平，同时伴有睾丸发育不良等问题。
先天性骨骼发育异常
软骨发育不全：这是一种常染色体显性遗传病，由于基因突变导致软骨内骨化障碍，长骨生长受限，表现为四肢短粗，躯干相对较长，头大等特殊面容，身高明显低于正常儿童，是导致矮小症的常见骨骼发育异常疾病之一。
成骨不全：又称脆骨病，是由于胶原蛋白合成障碍引起的骨骼疾病，患者骨骼脆性增加，容易骨折，同时也会影响身高的正常生长，身高增长缓慢且可能伴有骨骼畸形等表现。
慢性疾病和营养不良
慢性疾病：如先天性心脏病、慢性肾病、哮喘等长期慢性疾病。这些疾病会影响机体的营养代谢、激素分泌以及生长发育的内环境。例如慢性肾病患者，由于肾功能受损，会影响生长激素的代谢以及钙磷等矿物质的代谢，从而阻碍骨骼的生长；先天性心脏病患者，因为心脏功能受限，全身血液循环不畅，影响营养物质的运输和组织器官的正常发育，导致身高增长迟缓。
营养不良：长期摄入不足或营养不均衡会导致身体缺乏生长发育所需的蛋白质、能量、维生素、矿物质等营养物质。例如儿童时期蛋白质摄入不足，会影响身体的生长和修复；维生素D缺乏会影响钙的吸收，导致骨骼发育不良，进而引起矮小症。
其他内分泌疾病
甲状腺功能减退症：甲状腺激素对生长发育至关重要，它能促进蛋白质合成、促进骨骼生长和中枢神经系统发育。儿童时期甲状腺功能减退，甲状腺激素分泌不足，会导致生长缓慢，身材矮小，同时还可能伴有智力发育落后、表情淡漠、皮肤粗糙等表现。
皮质醇增多症：长期应用糖皮质激素或肾上腺皮质增生等原因导致体内皮质醇水平过高，会抑制生长激素的分泌和作用，影响骨骼生长，导致身高增长受限，同时可能伴有向心性肥胖、多血质面容等表现。
