益生元可调节肠道菌群平衡，改善肠道屏障功能，促进营养物质吸收，增强免疫力，对不同年龄、性别及有不同生活方式和病史的人群均有重要作用，如对长期用抗生素致菌群失调者、婴幼儿、有肠道炎症病史者、素食者、有胃肠道疾病病史者、老年人、有自身免疫性疾病病史者等。
一、调节肠道菌群平衡
益生元是肠道有益菌的食物，能够被双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌分解利用，促进其生长繁殖，抑制有害菌的生长。例如，低聚果糖等益生元可以选择性地刺激双歧杆菌的增殖，研究表明，摄入含低聚果糖的食物8周后，肠道内双歧杆菌数量显著增加，有害菌数量相应减少，有助于维持肠道微生态的稳定，这对于不同年龄、性别以及有不同生活方式和病史的人群都很重要，比如对于长期使用抗生素导致肠道菌群失调的患者，补充益生元有助于恢复肠道菌群平衡。
二、改善肠道屏障功能
益生元通过促进有益菌生长，其代谢产物可以增强肠道黏膜屏障功能。有益菌产生的短链脂肪酸等物质能够增加肠道黏液分泌，维持肠道上皮细胞的完整性，防止有害物质如细菌、毒素等进入血液。不同年龄段人群肠道屏障功能有差异，婴幼儿肠道屏障相对脆弱，适当补充益生元有助于其肠道屏障功能的完善；对于有肠道炎症病史的人群，良好的肠道屏障功能可以减少炎症刺激。
三、促进营养物质吸收
一方面，益生元促进有益菌生长，有益菌可以产生一些消化酶，帮助更好地消化食物。另一方面，有益菌代谢产生的短链脂肪酸等可以为肠道上皮细胞提供能量，同时有助于钙、镁、铁等矿物质的吸收。不同性别在营养需求和吸收方面虽有一定共性，但益生元对营养吸收的促进作用对各类人群都适用，比如对于素食者，可能存在某些营养吸收不足的情况，补充益生元有助于改善相关营养物质的吸收。对于有胃肠道疾病病史影响营养吸收的人群，益生元的这一作用尤为关键。
四、增强免疫力
肠道是人体最大的免疫器官，肠道菌群平衡以及良好的肠道屏障功能有助于增强免疫力。益生元通过调节肠道菌群，进而影响免疫细胞的功能和肠道相关淋巴组织的免疫应答。不同年龄人群免疫力有差异，老年人免疫力相对较低，补充益生元有助于维持其肠道免疫相关功能；对于患有自身免疫性疾病病史的人群，稳定的肠道微生态可能对整体免疫状态有积极影响。
