耐药菌感染的临床表现因感染部位、细菌类型及患者基础状况不同而存在差异，常见表现包括发热、感染部位红肿疼痛、分泌物异常、治疗后症状反复等。
以MRSA（耐甲氧西林金黄色葡萄球菌）、鲍曼不动杆菌、多重耐药铜绿假单胞菌等为主，表现为咳嗽、咳黄脓痰或血性痰，伴胸闷、呼吸困难；胸部影像学显示肺部浸润影或实变影；常规抗生素治疗72小时后症状无改善甚至加重。老年、免疫低下者可无发热，仅表现为呼吸急促、精神萎靡。
泌尿系统感染
多见于留置导尿管、长期使用广谱抗生素者，多由VRE（耐万古霉素肠球菌）、产ESBLs大肠杆菌等引起，表现为尿频、尿急、尿痛，尿液浑浊或带血，伴腰痛、发热；尿常规可见白细胞/红细胞增多，尿培养阳性但常规抗生素治疗无效。孕妇、糖尿病患者易进展为肾盂肾炎，出现高热、恶心呕吐，需警惕流产或早产风险。
皮肤软组织感染
以MRSA、多重耐药链球菌为主，表现为局部红肿、疼痛、皮温升高，可形成脓肿，破溃后流出黄色脓性分泌物；感染灶周围淋巴结肿大、压痛。糖尿病、长期卧床患者易出现伤口经久不愈，抗生素治疗后症状反复。
血流感染（败血症）
多由CRE（碳青霉烯耐药肠杆菌科）、铜绿假单胞菌等耐药菌引起，起病急骤，表现为持续高热、寒战，伴头痛、肌肉酸痛；严重时出现血压下降、四肢湿冷（感染性休克），皮肤瘀斑或瘀点，实验室检查显示白细胞异常、凝血功能障碍。免疫低下者（如肿瘤、HIV患者）可无典型发热，仅表现为精神差、低血压。
其他部位感染
腹腔感染（如CRE、鲍曼不动杆菌）表现为持续性腹痛、腹胀、腹肌紧张，伴恶心呕吐；中枢神经系统感染（如耐药菌脑膜炎）出现剧烈头痛、喷射性呕吐、颈项强直，意识模糊或昏迷。老年、慢性肾病患者感染后症状隐匿，需结合影像学及病原学检查早期诊断。
耐药菌感染常与长期使用广谱抗生素、免疫低下等因素相关，临床表现易被延误诊断。建议患者感染症状经规范治疗后无改善或反复时，及时就医并完善药敏试验，特殊人群（老年人、孕妇、儿童）需密切监测病情变化。
