女性衣原体感染有泌尿生殖系统症状，如尿道炎的尿频、尿急、尿道烧灼感等，宫颈炎的阴道分泌物增多等；还有其他部位感染相关症状，如盆腔炎的下腹痛、发热等，眼部感染的眼结膜炎等。不同人群症状特点及影响因素不同，育龄女性易引发泌尿生殖系统症状且可能影响生育，青春期女性症状可能不典型。需与淋病奈瑟菌感染、滴虫性阴道炎等鉴别，可通过实验室检查区分。
尿道炎表现：女性感染衣原体后引起尿道炎时，可能出现尿频、尿急的症状，尿频指排尿次数明显增多，尿急则是有强烈的排尿紧迫感，难以忍耐。部分患者还会有尿道烧灼感，尿道口可能有轻度红肿，分泌物一般较少，呈稀薄状，但有的患者晨起时可见尿道口有少量黏液性分泌物结痂，封住尿道口，即“糊口”现象。
宫颈炎表现：感染累及宫颈时，多数患者无明显自觉症状，部分患者可有阴道分泌物增多，呈黏液脓性，阴道分泌物刺激可引起外阴瘙痒及灼热感。检查可见宫颈充血、水肿、糜烂、脓性分泌物等。
其他部位感染相关症状
盆腔炎表现：若衣原体感染上行导致盆腔炎，病情较轻时可能仅有下腹部不适，病情较重时可出现下腹部疼痛、发热，体温可在38℃左右，有的患者还会出现寒战。此外，可有异常阴道出血，如性交后出血、月经间期出血等，也可能伴有消化系统症状，如恶心、呕吐、腹胀、腹泻等。
眼部感染相关症状：极少数情况下，衣原体可引起眼部感染，如新生儿通过产道时被感染，可出现眼结膜炎，表现为眼结膜充血、水肿，有较多脓性分泌物等。
不同人群症状特点及影响因素
育龄女性：由于生殖系统的生理结构特点，衣原体感染更容易在泌尿生殖系统引发上述症状，且若未及时治疗发展为盆腔炎，可能影响生育，导致输卵管粘连、阻塞，进而引起宫外孕或不孕等问题。例如，有研究表明，盆腔炎患者中由衣原体感染引起的比例较高，而这些患者在未来妊娠时发生宫外孕的风险比无盆腔炎病史者显著增加。
青春期女性：处于青春期的女性生殖系统尚在发育中，感染衣原体后，症状可能相对不典型，但仍需重视。其泌尿生殖系统的反应可能与成年女性有一定差异，不过基本的泌尿生殖道症状如分泌物异常、外阴不适等同样可能出现，且由于此阶段女性可能性生活开始增多等因素，增加了感染的机会，需要密切关注自身身体变化，如有异常及时就医检查。
与其他相似疾病症状的鉴别
与淋病奈瑟菌感染鉴别：淋病奈瑟菌感染引起的尿道炎、宫颈炎等，其阴道分泌物通常量较多，呈脓性，而衣原体感染的分泌物一般相对较少且较稀薄。淋病奈瑟菌感染导致的盆腔炎病情往往更为严重，发热等全身症状可能更明显，通过实验室检查，如分泌物涂片革兰染色查找淋病奈瑟菌、衣原体核酸检测等可明确区分。
与滴虫性阴道炎鉴别：滴虫性阴道炎患者阴道分泌物多呈黄绿色、泡沫状，有明显臭味，而衣原体感染的阴道分泌物多为黏液脓性，气味相对不典型，通过显微镜检查阴道分泌物查找滴虫以及衣原体检测等可进行鉴别。
