自体血疗法存在多种风险，包括操作不当可能引发的感染风险（免疫力低者更易感染且病情难控、恢复长）、自体血理化性质改变可能导致的过敏反应（过敏体质概率高，重者危及生命）、储存或回输不当引起的血管内溶血风险（可致急性肾衰，基础肾病者损害更重）、不当回输可能造成的免疫调节紊乱风险（会干扰免疫平衡，加重自身免疫病病情）以及可能带来的心理影响风险（部分患者有心理压力，心理承受差者影响更明显）
一、感染风险
自体血疗法操作过程中若未严格遵循无菌操作原则，就有可能引入细菌等病原体，从而引发感染。例如，在采血、储存及回输等环节，如果环境不洁净、器械消毒不彻底，就可能导致局部或全身性感染。对于本身免疫力较低的人群，如患有免疫缺陷疾病者、长期使用免疫抑制剂者等，感染风险会更高。因为他们自身抵御病原体的能力较弱，一旦发生感染，病情可能较难控制，恢复时间也会延长。
二、过敏反应
自体血中可能含有一些潜在的过敏原，虽然是自身血液，但在采集、处理过程中可能会发生一些理化性质的改变，从而引发过敏反应。过敏反应的严重程度可轻可重，轻者可能出现皮肤瘙痒、皮疹等，重者可导致呼吸困难、过敏性休克等危及生命的情况。过敏体质者发生过敏反应的概率相对较高，在进行自体血疗法前，应详细询问过敏史，评估发生过敏的风险。
三、血管内溶血风险
如果自体血在储存或回输过程中受到不当处理，比如温度不适宜、受到剧烈震荡等，可能会导致红细胞破裂，发生血管内溶血。溶血会释放出大量的血红蛋白等物质，可能会堵塞肾小管，引起急性肾功能衰竭等严重并发症。对于有基础肾脏疾病的人群，发生血管内溶血后对肾脏的损害可能更为严重，因为他们的肾脏本身的代偿和修复能力相对较弱。
四、免疫调节紊乱风险
自体血疗法对机体免疫调节的影响较为复杂，不当的自体血回输可能会干扰正常的免疫平衡。目前研究发现，过度的自体血回输可能会影响免疫系统的细胞因子分泌、免疫细胞活性等，从而导致免疫调节紊乱，增加自身免疫性疾病发生的风险。对于本身患有自身免疫性疾病的患者，进行自体血疗法可能会加重病情，因为其自身免疫系统已经处于异常活跃或紊乱的状态，自体血疗法可能进一步打破原有的平衡。
五、心理影响风险
部分患者在接受自体血疗法时可能会存在心理压力，尤其是对治疗效果的担忧等。长期的心理压力可能会对患者的身心健康产生不良影响，比如导致焦虑、抑郁等情绪问题。对于心理承受能力较差的人群，如性格较为敏感、近期经历重大生活事件者等，这种心理影响可能更为明显。
