肉芽肿一般不会自己好，感染性肉芽肿如结核杆菌、真菌感染相关的，不治疗会进展加重；异物性肉芽肿异物不除会持续存在致局部炎症；免疫相关肉芽肿如类风湿关节炎相关的会病情进展破坏组织器官，发现后应及时就医针对病因治疗，不同特殊人群治疗需谨慎评估。
感染性肉芽肿
细菌感染相关：比如结核杆菌引起的结核性肉芽肿，人体自身免疫系统难以完全清除结核杆菌来让肉芽肿自行消退，若不进行抗结核治疗，病情会进展，结核性肉芽肿会持续存在甚至加重，导致肺部等器官受损，出现咳嗽、咯血、胸痛等症状，还可能传播给他人。
真菌感染相关：像组织胞浆菌感染引起的肉芽肿，人体自身免疫通常无法让肉芽肿自行消散，若不进行抗真菌治疗，感染会扩散，影响多个脏器功能，出现发热、咳嗽、呼吸困难等多系统症状。
异物性肉芽肿
如果是手术缝线、粉尘等异物引起的肉芽肿，异物不被清除，肉芽肿会持续存在，可能引起局部炎症反应，出现红肿、疼痛等，影响相应组织器官的功能，比如眼部缝线引起的肉芽肿会影响视力。
免疫相关肉芽肿
如类风湿关节炎相关的肉芽肿，是自身免疫紊乱导致，不会自行好，病情会逐渐进展，破坏关节结构，导致关节畸形、功能丧失，出现关节疼痛、肿胀、活动受限等，还可能累及心脏、肺部等出现相应并发症。
对于肉芽肿，一旦发现应及时就医，明确病因后进行针对性治疗，比如感染性肉芽肿进行抗感染治疗，免疫相关肉芽肿进行调节免疫等治疗，异物性肉芽肿取出异物等，而不能等待其自行好转，以免延误病情导致严重后果。不同年龄、性别、健康状况的人患肉芽肿后，处理原则基本遵循上述依据病因治疗的大方向，但特殊人群如儿童、孕妇、老年人等在治疗时需更谨慎评估，儿童由于各器官发育不完善，选择治疗方案时要优先考虑对生长发育影响小的方式；孕妇要考虑药物对胎儿的影响；老年人要考虑基础疾病等因素对治疗的耐受性等。
