自制苹果醋存在微生物污染风险易致胃肠道感染等；醋酸浓度难控过高会刺激腐蚀黏膜增患消化道溃疡等风险且加重胃肠基础病；营养成分易流失不均衡可能无法满足人体全面营养需求；还可能添加不安全物质如过多糖或未经评估添加剂影响身体生理代谢。
微生物污染风险
自制苹果醋过程中，如果操作环境不洁净、容器消毒不彻底等，容易导致微生物污染。例如，可能会滋生大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等致病菌。这些微生物污染的苹果醋饮用后可能引起胃肠道感染，出现腹痛、腹泻、呕吐等症状。对于免疫力较低的人群，如老年人、儿童、患有基础疾病（如糖尿病、艾滋病等）的人群，感染风险更高，可能会引发更严重的感染性疾病，甚至导致败血症等严重并发症。
醋酸浓度难以控制带来的危害
自制时很难精确控制醋酸的浓度。如果醋酸浓度过高，会对口腔、食管和胃肠道黏膜产生强烈的刺激和腐蚀作用。可能导致口腔黏膜受损、溃疡，食管黏膜灼伤，胃肠道黏膜充血、糜烂等。长期饮用高浓度醋酸的自制苹果醋，会增加患消化道溃疡等疾病的风险。对于有胃肠道基础疾病的人群，如患有胃炎、胃溃疡等疾病的人，会加重病情，影响胃黏膜的修复和胃肠道的正常功能。
营养成分流失与不均衡
在自制苹果醋过程中，苹果中的一些营养成分可能会流失或发生变化。例如，苹果中的维生素C等热敏性维生素在发酵过程中可能会被破坏，导致其含量大幅降低。而且自制苹果醋的营养成分构成难以像正规产品那样科学合理搭配，可能无法满足人体全面的营养需求。对于依赖特定营养摄入来维持健康的人群，如孕妇、素食者等，长期饮用自制苹果醋可能会造成营养不均衡，影响自身健康和胎儿发育（孕妇情况）、导致营养不良相关问题（素食者情况等）。
可能添加不安全物质
自制过程中可能会不自主地添加一些不安全的物质，比如为了改善口感而添加过多的糖，这对于糖尿病患者来说，会导致血糖急剧升高，不利于血糖的控制。或者添加一些未经安全评估的添加剂等，这些物质进入人体后可能会对身体产生不良影响，干扰正常的生理代谢过程。
