玛咖长期吃可能有对内分泌系统干扰致激素水平波动、对消化系统造成负担致消化不良、对神经系统致头痛头晕等副作用，孕妇哺乳期女性、有基础疾病人群及儿童需特别注意，孕妇哺乳期女性因缺乏安全数据不建议长期食用，有基础疾病人群长期食用可能加重病情，儿童因身体未成熟不建议长期食用。
对内分泌系统的影响
玛咖中含有的某些成分可能会干扰人体内分泌系统的正常功能。有研究表明，长期大量摄入玛咖可能影响激素水平，例如对性激素水平产生一定波动。对于男性而言，可能会影响睾酮等激素的平衡；女性则可能影响雌激素、孕激素等的正常分泌，进而可能导致月经周期紊乱等情况。不过，这种影响因个体差异较大，不同人摄入后出现内分泌紊乱的情况不同。
对消化系统的影响
长期食用玛咖可能对消化系统造成负担。部分人可能会出现消化不良的症状，如腹胀、腹痛、恶心等。这是因为玛咖中的一些成分可能会刺激胃肠道，影响胃肠道的正常蠕动和消化酶的分泌。例如，有研究发现长期服用玛咖的人群中，约有一定比例的人会出现不同程度的胃肠道不适症状，但具体比例因研究对象不同而有所差异。
对神经系统的影响
个别长期食用玛咖的人可能会出现神经系统方面的不适，如头痛、头晕等。这可能与玛咖对神经系统的刺激或调节作用有关，但目前相关研究对于其具体机制还不是完全明确。不同个体对玛咖的神经系统反应不同，有些人可能更容易出现这类症状。
特殊人群需特别注意
孕妇和哺乳期女性：目前缺乏足够安全数据表明玛咖对孕妇和哺乳期女性是完全安全的。玛咖可能对胎儿或婴儿产生未知影响，所以孕妇和哺乳期女性不建议长期食用玛咖。
有基础疾病的人群：例如患有内分泌相关疾病（如甲状腺疾病等）、消化系统疾病（如胃溃疡等）的人群，长期食用玛咖可能会加重原有病情。因为玛咖的成分可能会与治疗基础疾病的药物产生相互作用，或者直接影响基础疾病的病理过程。比如患有胃溃疡的人，玛咖可能会刺激胃黏膜，导致溃疡症状加重。
儿童：儿童处于生长发育阶段，其身体各个系统还未发育成熟，玛咖对儿童的影响尚不明确，且可能存在潜在风险，所以儿童不建议长期食用玛咖。
