益生元自身不能被人体消化酶直接分解吸收，主要作为肠道有益菌特异性营养底物发挥作用，对婴幼儿可助构建有益菌群环境促进肠道正常发育及消化吸收功能完善，对老年人能间接维持肠道菌群平衡以维持肠道屏障功能等，对有肠道疾病史人群可通过促进有益菌生长繁殖间接改善肠道微生态环境辅助肠道疾病康复与预防复发，均是通过对有益菌的调节间接起作用而非直接作用于机体细胞等结构。
一、益生元的作用机制及间接性体现
益生元自身不能被人体消化酶直接分解吸收，其主要通过作为肠道有益菌的特异性营养底物来发挥作用。例如低聚果糖等常见益生元，能被肠道内双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌特异性利用，促进这类有益菌的增殖与活性增强，进而间接对机体产生影响。研究显示，双歧杆菌在利用益生元后可代谢产生短链脂肪酸等物质，短链脂肪酸能为结肠上皮细胞提供能量，还可调节肠道酸碱平衡、抑制有害菌生长等，这一过程是通过益生元对有益菌的作用间接实现的，并非益生元直接对机体细胞等结构产生直接的生物学效应。
二、对不同人群的间接作用体现
婴幼儿：婴幼儿肠道菌群处于发育阶段，合理补充益生元可帮助构建有益菌群环境，间接促进肠道正常发育及消化吸收功能完善，但并非益生元直接作用于婴幼儿机体细胞使其产生变化，而是通过调节肠道有益菌来发挥作用。
老年人：老年人肠道功能衰退，肠道菌群平衡易被打破，益生元可通过被肠道有益菌利用，间接维持肠道菌群平衡，进而有助于维持肠道屏障功能、保障营养物质吸收等，并非益生元直接对老年人机体产生作用，而是依赖对有益菌的调节来间接影响机体状态。
有肠道疾病史人群：有肠道疾病史者需在医生指导下选择合适益生元，益生元通过促进有益菌生长繁殖，间接改善肠道微生态环境，辅助肠道疾病的康复与预防复发，同样是通过对有益菌的作用间接影响机体，而非直接作用于机体来起功效。
