男性假两性畸形成因包括遗传因素如雄激素受体基因突变及其他单基因遗传缺陷、内分泌因素如促性腺激素分泌异常及性腺自身异常、环境因素如孕期药物或化学物质暴露及激素暴露异常。
雄激素受体基因突变：雄激素受体（AR）基因位于X染色体长臂二区三区（Xq28），其突变可导致雄激素不敏感综合征，是男性假两性畸形常见的遗传原因。例如完全型雄激素不敏感综合征，患者染色体核型为46，XY，由于AR基因发生突变，使雄激素不能发挥正常作用，胎儿期男性生殖器官发育受阻，表现为外表女性，有发育良好的乳房，但无子宫和输卵管，睾丸通常位于腹腔或腹股沟管内。不完全型雄激素不敏感综合征则是AR基因发生部分突变，患者有不同程度的男性生殖器官发育异常，如阴茎短小、尿道下裂等。
其他单基因遗传缺陷：一些其他单基因的遗传缺陷也可能导致男性假两性畸形，比如5α-还原酶2缺乏症，其相关基因位于2号染色体短臂（2p23-p22），该酶缺乏会使睾酮不能转化为双氢睾酮，影响外生殖器的正常发育，导致新生儿外表似女性或两性畸形，青春期后可出现男性化表现，如阴茎增大、出现胡须等。
内分泌因素导致的男性假两性畸形
促性腺激素分泌异常：下丘脑-垂体-性腺轴（HPGA）中促性腺激素分泌异常可引起男性假两性畸形。例如促性腺激素缺乏症，由于下丘脑分泌促性腺激素释放激素（GnRH）不足或垂体分泌促黄体生成素（LH）、促卵泡生成素（FSH）减少，导致性腺发育不良，雄激素分泌不足。患者表现为青春期第二性征不发育，男性生殖器官发育差，呈幼稚状态。
性腺自身异常：性腺本身的病变也可导致男性假两性畸形。如先天性睾丸发育不全综合征，染色体核型为47，XXY，睾丸组织存在一定程度的发育异常，雄激素分泌减少，同时影响男性生殖器官的正常分化和发育，患者身材较高，睾丸小而硬，男性第二性征不明显，有女性化表现倾向。
环境因素导致的男性假两性畸形
孕期药物或化学物质暴露：孕妇在孕期接触某些药物或化学物质可能影响胎儿男性生殖器官的发育。例如，孕期接触一些具有抗雄激素作用的药物，如某些抗癫痫药物等，可能干扰雄激素的正常作用，导致男性胎儿生殖器官发育异常。一些环境中的化学污染物，如多氯联苯、邻苯二甲酸酯等，也可能通过干扰内分泌系统，影响雄激素的合成、分泌或作用，从而引起男性假两性畸形。
孕期激素暴露异常：孕妇在孕期自身激素水平异常也可能影响胎儿。如果孕期母亲体内雄激素水平过低，不能满足胎儿男性生殖器官正常发育的需求，就可能导致男性假两性畸形的发生。例如母亲患有某些内分泌疾病，如肾上腺皮质增生症，导致雄激素分泌异常，影响胎儿生殖器官发育。
