高位肛瘘治疗以手术为主，需结合瘘管位置、内口情况及患者全身状况选择术式，术后需规范换药与康复训练，多数患者可获治愈。
一、复杂性高位肛瘘：采用挂线疗法或瘘管剔除术，挂线可保护肛门功能，术后需每日换药至创面愈合，糖尿病患者需严格控糖，预防感染。
二、合并坐骨直肠窝脓肿高位肛瘘：先切开引流脓肿，待炎症控制后二期行肛瘘根治术，老年患者需评估心肺功能，选择耐受手术方式，术后加强营养支持。
三、儿童高位肛瘘：以保守治疗为主，局部坐浴与抗生素控制感染，待炎症消退后行瘘管切开术，婴幼儿避免过早手术，需由儿科与肛肠科联合评估。
四、复发高位肛瘘：需行MRI精确定位，采用生物补片或带蒂肌瓣修复，合并克罗恩病患者需同时治疗原发病，免疫抑制剂使用者需调整用药方案。
