肛瘘可分为高位肛瘘和低位肛瘘,根据罗马分类法的定义,高位肛瘘属于上方的肛门括约肌,低位肛瘘属于下方的肛门括约肌。高位肛瘘一般较为复杂,正常可有2-3个或更多的外口,低位肛瘘正常只有一个外瘘口;在治疗高位肛瘘的治疗中比较麻烦,正常需要使用肛瘘挂线手术,也可能需要切除部分肛门括约肌,低位肛瘘正常只需要去除肛瘘;高位肛瘘较易复发,低位肛瘘较不易复发;高位肛瘘和低位肛瘘以外括约肌深线为标志,经过这条线以上的瘘道为高位肛瘘,而经过这条线以下的瘘道为低位肛瘘,低位肛瘘手术相对简单,可采用瘘管切除或拔除手术。因此,它们的位置和复发情况等有区别。