天生吃不胖受遗传因素影响，某些基因变异可影响能量代谢等过程，家族中若有基础代谢率高或能量代谢相关基因优势后代概率高，不同性别因基因优势也有差异；代谢率差异方面，天生吃不胖者基础代谢率较高且对食物特殊动力作用更敏感；胃肠消化吸收功能上，其胃肠蠕动快、消化酶活性不利于营养过度吸收，肠道菌群组成利于能量消耗利用；激素水平影响中，甲状腺激素水平高可升高基础代谢率，肾上腺素利于脂肪分解，不同年龄、性别及生活方式对这些激素有影响。
遗传在“天生吃不胖”中起到重要作用。研究表明，某些基因变异可能影响人体的能量代谢、脂肪合成与分解等过程。例如，一些与甲状腺功能相关的基因变异可能使机体基础代谢率较高，基础代谢率高意味着身体在安静状态下消耗的能量更多，即使摄入较多食物，也不容易转化为脂肪储存起来。从家族遗传角度看，如果家族中普遍存在基础代谢率高或者能量代谢相关基因优势的情况，后代出现天生吃不胖的概率会相对较高。不同性别在遗传因素影响下也可能有差异，比如男性可能由于某些与肌肉合成相关的基因优势，肌肉量相对较多，而肌肉组织比脂肪组织消耗能量更多，这也会使得男性相对更不容易胖。
代谢率差异
1.基础代谢率：基础代谢率是指人体在清醒而又极端安静的状态下，不受肌肉活动、环境温度、食物及精神紧张等影响时的能量代谢率。天生吃不胖的人往往基础代谢率较高。例如，通过双能量X线吸收法等技术检测发现，这类人群单位时间内身体维持基本生理功能所消耗的能量比一般人多。年龄因素会影响基础代谢率，年轻人通常基础代谢率相对较高，随着年龄增长基础代谢率会逐渐下降，所以年轻人相对更有可能天生吃不胖与基础代谢率较高有关。女性在不同生理周期基础代谢率也有变化，一般来说卵泡期基础代谢率相对稳定且可能处于较高水平，这也可能在一定程度上影响女性是否天生吃不胖。
2.食物特殊动力作用：食物特殊动力作用是指人体在进食后会出现能量消耗增加的现象，不同的食物引起的食物特殊动力作用不同。天生吃不胖的人可能对食物的特殊动力作用更敏感，摄入食物后身体消耗更多能量来消化、吸收和代谢这些食物。比如摄入蛋白质时，食物特殊动力作用相对较强，若一个人天生对蛋白质的消化吸收过程中能量消耗更多，那么即使摄入较多富含蛋白质的食物，也不容易转化为脂肪储存，从而保持吃不胖的状态。生活方式中的运动习惯也会影响食物特殊动力作用相关的代谢，经常运动的人可能身体对食物的利用和能量消耗调节更高效，进一步影响整体的代谢率情况。
胃肠消化吸收功能
1.胃肠蠕动与消化酶活性：天生吃不胖的人可能胃肠蠕动较快，食物在胃肠道内停留时间较短，使得营养物质不能被充分吸收。同时，胃肠内消化酶的活性可能处于一种相对不利于营养物质过度吸收的状态。例如，某些消化酶的活性可能会使食物中的营养成分分解不充分或者吸收不完全，导致摄入的大部分能量被排出体外而不是储存为脂肪。年龄较小的儿童胃肠功能还在发育中，如果胃肠蠕动和消化酶活性等方面存在优势，也可能表现出相对不容易胖的情况，但随着年龄增长胃肠功能逐渐稳定后这种优势可能会相对变化。女性在孕期等特殊生理阶段胃肠消化吸收功能会有变化，非孕期时如果本身胃肠消化吸收功能就有利于减少能量储存，也可能天生吃不胖。
2.肠道菌群影响：肠道菌群与人体的能量代谢密切相关。天生吃不胖的人肠道菌群组成可能相对有利于能量的消耗和利用。一些有益的肠道菌群可以通过调节肠道对营养物质的吸收、影响脂肪细胞的分化等途径来控制体重。比如某些肠道菌群可以产生短链脂肪酸等物质，这些物质能够调节机体的能量代谢，促进能量的消耗，从而使人体不容易储存脂肪。不同性别肠道菌群可能存在一定差异，这也可能导致男女在天生吃不胖方面存在不同的菌群相关因素影响。生活方式中的饮食结构会改变肠道菌群组成，长期保持有利于有益肠道菌群生长的饮食可能会强化天生吃不胖人群的肠道菌群优势。
激素水平影响
1.甲状腺激素：甲状腺激素对人体的代谢起着重要的调节作用。天生吃不胖的人可能体内甲状腺激素水平相对较高，甲状腺激素能提高大多数组织的耗氧率，增加产热效应，使机体基础代谢率升高，促进物质氧化，增加能量消耗。年龄对甲状腺激素水平有影响，青少年时期甲状腺功能活跃，甲状腺激素水平相对较高，这也是青少年相对更不容易胖的一个激素相关因素。女性的雌激素水平在月经周期等不同阶段会影响甲状腺激素的作用，雌激素可能会通过一些机制影响甲状腺激素的代谢和功能，从而间接影响女性是否天生吃不胖。
2.肾上腺素：肾上腺素可以促进脂肪分解，增加产热。天生吃不胖的人可能在一些应激状态下或者基础状态下肾上腺素分泌相对更有利于能量释放。比如在运动或者受到轻微应激时，肾上腺素能更好地发挥促进脂肪分解的作用，使体内脂肪被分解利用而不是储存，保持体重稳定。男性和女性的肾上腺素分泌调节机制有差异，男性可能在肾上腺素对脂肪分解的调节上有不同的特点，这也可能导致男女天生吃不胖在激素方面的不同表现。生活方式中的压力情况会影响肾上腺素的分泌，长期处于低压力状态的人可能肾上腺素分泌更有利于维持不容易胖的状态。
