肠易激综合征的原因尚未完全明确，可能与肠道动力异常、内脏高敏感性、肠道菌群失调、精神心理因素及食物不耐受等多因素相关。
肠道动力异常：部分患者存在肠道蠕动过快（腹泻型）或过慢（便秘型），导致粪便性状改变，例如腹泻型患者常出现频繁稀便，便秘型则表现为排便困难、粪便干结。
内脏高敏感性：肠道神经对正常刺激（如肠腔扩张）反应增强，产生疼痛或不适，使患者对腹部胀满、腹胀等症状更为敏感，尤其在情绪紧张时症状可能加重。
肠道菌群失调：肠道菌群结构紊乱，有益菌减少、有害菌增多，影响肠道屏障功能和代谢，可能诱发或加重肠道不适，长期饮食不规律、抗生素使用等因素可能破坏菌群平衡。
精神心理因素：长期焦虑、抑郁、压力或童年创伤等心理问题，通过脑肠轴影响肠道功能，约60%~80%患者存在心理异常，心理干预常作为重要辅助治疗手段。
食物不耐受与饮食因素：摄入某些食物（如乳制品、咖啡因、辛辣食物）可能刺激肠道，引发或加重症状，个体对食物的消化吸收差异（如乳糖不耐受）也可能是诱因之一。
