外科治疗完全性大动脉转位主要有两种方法，分别是姑息性手术和根治性手术。
1.姑息性手术
姑息性手术方法主要是为了改善体肺循环间的血液混合，或延缓肺动脉高压的发生。常见的手术包括球囊房间隔扩开术，适用于室间隔完整的完全性大动脉转位病人，或肺动脉窄小、周围肺动脉发育不全等情况。此外，还有肺动脉带缩术，适用于室间隔缺损大并合并大量左向右分流、充血性心力衰竭严重等情况。
2.根治性手术
根治性手术方法以达到生理上的纠治为目的。其中，解剖纠正手术（Switch手术）是主要的根治性手术，可在生后4周内进行，即主动脉与肺动脉互换及冠状动脉重新移植，达到解剖关系上的完全纠正。
