肠镜肠穿孔多发生于检查当日或次日，需警惕。
肠镜操作过程中及术后早期是肠穿孔的高发时段。肠镜检查时，医生需将肠镜经肛门插入肠道，在进镜、退镜、观察、取活检、行息肉切除等操作中，肠道要承受镜身摩擦、牵拉、扭转及器械介入带来的压力。
如果患者肠道本身存在病变，如溃疡性结肠炎致肠壁菲薄、肠结核引发肠壁瘢痕挛缩、肠道肿瘤使肠壁质地改变，或患者肠道走形迂曲、肠腔狭窄，肠镜操作难度增大，就极易在检查当日就因机械性损伤直接导致肠穿孔，就像给年久失修且结构复杂的管道强行塞入异物，容易戳破管道。
另外，肠镜术后次日也可能发生穿孔。操作时的微小损伤在术后可能因肠道蠕动、肠道内压力变化等因素，导致损伤处逐渐扩大直至穿孔，如同衣服上有个小破口，活动时受到拉扯就可能变成大口子。但是，随着肠镜技术不断进步、医生操作经验积累以及术前评估的完善，肠穿孔发生率已大幅降低。
