高位肛瘘患者可以进行药物治疗、坐浴治疗、挂线疗法、切开疗法、切除缝合术等。
1.药物治疗
作为辅助手段，可缓解症状、控制感染。常用药物有头孢克肟胶囊等抗生素，能抑制和杀灭细菌，减轻炎症；甲硝唑片针对厌氧菌，控制感染发展；肛泰软膏可改善局部不适，促进炎症消退。
2.坐浴治疗
十分重要。用稀释的高锰酸钾溶液坐浴，可消毒杀菌、减少细菌滋生；温热水坐浴能促进血液循环、缓解括约肌痉挛；中药坐浴（如苦参、黄柏等煎剂）可清热燥湿、解毒消肿，改善局部症状。
3.挂线疗法
常用方法。利用橡皮筋或药线的机械性压迫作用，缓慢切开瘘管，通过慢性切割使断端纤维组织生长愈合，既能切开瘘管，又能保护肛门括约肌功能。
4.切开疗法
适用于瘘管位置相对较低、分支较少的高位肛瘘，将瘘管全部切开，使引流通畅，利于肉芽组织生长愈合。
5.切除缝合术
适用于瘘管较短且位置较浅、局部组织条件较好的情况，将肛瘘组织完整切除后缝合。
