肠道菌群失调症症状多样，消化系统症状有腹泻（肠道功能紊乱致稀水样便、排便次数多，儿童可致脱水等，成人影响生活且可能腹痛）、便秘（菌群失调影响蠕动致排便困难、粪便干结，老年人更突出且易引发其他问题）、腹胀（菌群失调致食物消化吸收受影响、产气多致腹部胀满，儿童影响食欲及生长发育，成人影响日常活动和舒适度）；全身症状有免疫力下降相关表现（肠道菌群失调影响免疫系统，使患者易患感染性疾病，对老人和儿童影响更明显）、营养吸收障碍相关表现（菌群失调致营养吸收不良，出现体重减轻、乏力等，长期影响儿童生长发育及成人工作生活状态）。
消化系统症状：
腹泻：较为常见，是肠道菌群失调后肠道功能紊乱的重要体现。正常肠道菌群对维持肠道正常的水分吸收和分泌平衡起作用，菌群失调时，有害菌增多或有益菌减少，会影响肠道对水分的调节，导致腹泻，粪便多为稀水样，每日排便次数可增多，年龄较小的儿童可能因频繁腹泻出现脱水等严重情况，表现为尿量减少、精神萎靡等；成年人则可能因长期腹泻影响生活质量，且可能伴有腹痛，疼痛程度不一，可为隐痛或胀痛。
便秘：部分患者会出现便秘症状。肠道菌群失调可能影响肠道的蠕动功能，有益菌减少可能使肠道内发酵作用减弱，粪便形成减慢，导致排便困难，粪便干结。老年人由于本身肠道蠕动功能相对较弱，若发生肠道菌群失调，便秘情况可能更为突出，且长期便秘可能引发其他健康问题，如肛裂、痔疮等。
腹胀：肠道内菌群失调会使食物的消化吸收过程受到影响，产生过多气体，从而引起腹胀。无论是儿童还是成年人，都可能感觉腹部胀满不适，尤其在进食后可能加重。儿童腹胀可能影响食欲，进而影响生长发育；成年人腹胀则会影响日常活动和生活舒适度。
全身症状：
免疫力下降相关表现：肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会影响免疫系统功能。例如，可能导致患者更容易发生感染性疾病，如呼吸道感染等，表现为频繁感冒、咳嗽等症状。对于老年人和儿童等免疫力相对较弱的特殊人群，这种影响更为明显，老年人本身免疫力随年龄增长而下降，肠道菌群失调会进一步削弱其免疫力，增加患病风险；儿童处于生长发育阶段，肠道菌群尚未完全成熟稳定，菌群失调后免疫力下降更易引发各种疾病。
营养吸收障碍相关表现：肠道菌群参与食物中一些营养物质的消化吸收，如维生素的合成等。菌群失调可能导致营养吸收不良，出现体重减轻、乏力等症状。长期营养吸收障碍会影响儿童的生长发育，使其身高、体重增长缓慢；成年人则可能因长期乏力影响工作和生活状态。
