先天性胆道闭锁有多种症状，最早最突出的是黄疸，出生1-2周后逐渐加重，粪便变浅甚至白陶土色，尿液加深；发病初期肝脏轻度肿大质硬，随病情进展肝脾进行性肿大；患儿会体重不增、生长发育迟缓；晚期可能出现腹水；部分患儿有皮肤瘀斑、鼻出血等出血倾向。
黄疸：通常是最早出现且最突出的症状。患儿出生后1-2周黄疸逐渐加重，皮肤、巩膜呈现金黄色，并且粪便颜色会逐渐变浅，甚至变为白陶土色，而尿液颜色会加深，像浓茶一样。这是因为胆道闭锁导致胆汁排出受阻，胆红素反流入血引起黄疸，对于新生儿来说，黄疸持续不消退且进行性加重是重要的提示信号，不同日龄的新生儿黄疸正常消退时间不同，若超过正常消退时间仍有黄疸且进行性加重则需高度警惕。
肝脾肿大：发病初期肝脏会轻度肿大，质地偏硬，随着病情进展，肝脏会进行性肿大，并且脾脏也会逐渐肿大。一般在出生后1个月左右可触及肿大的肝脏和脾脏，这是由于胆道闭锁后胆汁淤积，肝脏持续受到损伤，肝细胞增生以及脾脏淤血等原因导致肝脾肿大，对于婴幼儿来说，定期体检触摸肝脾情况有助于早期发现异常。
营养发育不良：患儿会出现体重不增、生长发育迟缓等情况。因为胆道闭锁影响了脂肪等营养物质的消化吸收，长期营养摄入不足和吸收障碍导致患儿营养状况变差，影响身体的正常生长发育，不同年龄段的儿童生长发育指标不同，如身高、体重低于同龄正常儿童标准需排查是否存在此类疾病。
腹水：晚期患儿可能出现腹水。这是因为肝功能严重受损，白蛋白合成减少，门静脉高压等原因导致腹腔内液体潴留，患儿腹部膨隆，伴有腹胀等不适，对于出现腹水的患儿，需要密切监测其腹部情况以及全身状况，及时评估病情。
出血倾向：部分患儿会有皮肤瘀斑、鼻出血等出血倾向。这是由于肝脏合成凝血因子减少，凝血功能障碍所致，在护理此类患儿时，要特别注意避免外伤，防止出血加重。
