肠结核的症状包括消化系统症状（腹痛多在右下腹，溃疡型肠结核常腹泻，增生型肠结核多便秘，增生型肠结核可有腹部肿块）、全身症状（多数有午后低热、盗汗，还有消瘦、乏力、贫血等）以及肠外结核表现（部分患者有肠外结核表现，如肺结核、女性生殖系统结核相关表现）。
一、消化系统症状
1.腹痛
多位于右下腹，因肠结核好发于回盲部。疼痛性质常为隐痛或钝痛，有时在进餐时诱发，与回盲部病变使胃回肠反射或胃结肠反射亢进，导致肠蠕动增加或痉挛有关。部分患者可表现为腹部绞痛，多因合并肠梗阻引起。不同年龄人群腹痛表现可能略有差异，儿童患者可能因表述不清而表现为哭闹不安等。
2.腹泻与便秘
腹泻：是溃疡型肠结核的常见症状之一。排便次数因病变严重程度和范围不同而异，一般每日2-4次，粪便多呈糊样，不含黏液或脓血，严重时腹泻次数可增多，每日可达10余次。这是由于溃疡型肠结核肠黏膜炎症和溃疡使肠功能紊乱所致。
便秘：增生型肠结核多以便秘为主要表现，这是因为增生型肠结核常使肠腔狭窄，肠内容物通过受阻。
3.腹部肿块
多见于增生型肠结核，常位于右下腹，质地中等，比较固定，伴有轻至中度压痛。这是由于肠壁局部增厚形成肿块。
二、全身症状
1.发热
多数患者有午后低热或不规则热，伴有盗汗。这是结核分枝杆菌毒素吸收引起的毒血症状。青少年患者可能因生长发育等因素，全身症状相对更为明显，发热等表现可能更突出。
2.消瘦、乏力、贫血
由于结核分枝杆菌感染导致机体慢性消耗，患者可出现消瘦、乏力等表现。长期慢性消耗还可能引起贫血，表现为面色苍白等。老年人由于身体机能下降，消瘦、乏力等症状可能更为明显，且恢复相对较慢。
三、肠外结核表现
部分患者可同时伴有肺结核等肠外结核的表现，如咳嗽、咳痰等肺结核症状。女性患者如果同时合并生殖系统结核，可能出现月经不调等表现。
