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克罗恩病和肠结核的鉴别，常常也是医学界的难题。首先在中国，是结核病的高发国家，因为肠道结核，也同样好发在青壮年身上。
肠结核病因非常的明确，跟克罗恩病不同，肠结核是由结核杆菌在肠道引起的溃疡或者增殖性疾病，因此病因是感染了结核杆菌。在肠镜的表现下，可能是在回盲部有环形的溃疡。
有些病人可以合并腹水，甚至有些病人在体检的时候发现了腹水，一查结果是肠结核导致的，同时合并结核性腹膜炎。肠结核在治疗上非常明确，一旦确诊了肠结核，可以通过PPD试验、T-SPOT试验以及通过γ干扰素释放试验，来明确病人是否有结核的感应。
同时有些病人可能有结核接触史，肯定要做腹胸部的CT，来看看有没有同时合并有肺部的表现。如果有些病人在肺的上叶，已经出现了结核的病灶，诊断肠结核就更加明确。
与克罗恩病不同的是，肠结核的治疗非常明确，目前有非常规范的结核病的诊治，患者需要进行全程的、规律的、正规的抗结核治疗。三个月的时候复查肠镜，肠结核的溃疡灶通常可以完全消失。因为治疗反应非常得好，也不像克罗恩病有反复发作的倾向。
