高位复杂性肛瘘的治疗方法主要有肛瘘切开术、挂线疗法、肛瘘切除术及其他疗法等。
1.肛瘘切开术
肛瘘切开术是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘。
2.挂线疗法
挂线疗法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛缘3-5cm的高位肛瘘，亦可作为复杂性肛瘘切开或切除的辅助方法。
3.肛瘘切除术
切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合；若创面较大，可部分缝合，部分敞开，填入油纱布，使创面由底向外生长至愈合。适用于低位单纯性肛瘘。
4.其他疗法
包括液氮冷冻、激光、红外线等疗法，适用于复杂性肛瘘切开或切除后的辅助治疗。
在治疗过程中，患者应注意饮食清淡，保持肛门清洁，避免久坐久站。同时，患者应按照医生的建议进行治疗和随访，以确保肛瘘的治愈。
