慢性肾盂肾炎症状多样，急性期有全身发热、寒战、乏力、食欲减退等，泌尿系统有尿频、尿急、尿痛、腰痛；慢性期泌尿系统有间歇性尿频、尿急、尿液浑浊、血尿、尿比重降低，全身有乏力、食欲不振、低热、消瘦，还会出现肾脏功能损害表现如夜尿增多、水肿等。
一、急性期表现
1.全身症状：可出现发热，体温多在38℃-39℃，部分患者可出现高热，伴有寒战、乏力、食欲减退等，年龄较小的儿童可能表现为精神萎靡、哭闹不安等，这与儿童自身免疫系统发育尚未完善，感染后全身反应相对较明显有关。
2.泌尿系统症状：
尿频、尿急、尿痛：这是比较典型的膀胱刺激征表现，由于炎症刺激膀胱黏膜，导致膀胱频繁收缩，从而引起尿频，即排尿次数明显增多；尿急表现为突然有强烈的排尿欲望，很难控制；尿痛则是排尿时尿道或耻骨上区等部位出现疼痛。对于女性患者，由于尿道短而直，更容易受到细菌感染引发此类症状，而男性相对发生率较低，但也可能发生。
腰痛：多为腰部隐痛或酸痛，疼痛程度不一，部分患者可出现较明显的腰痛，疼痛可放射至腹部，这是因为肾脏炎症刺激肾包膜及周围组织引起。
二、慢性期表现
1.泌尿系统症状：
间歇性尿频、尿急：相较于急性期，慢性期的膀胱刺激征症状可能相对较轻，表现为间歇性出现尿频、尿急，时轻时重，容易被忽视，这与病情反复发作，膀胱黏膜长期处于炎症状态有关。
尿液变化：尿液可出现浑浊，部分患者可出现肉眼血尿，尿常规检查可见红细胞、白细胞等异常。另外，尿比重降低，这是因为肾脏的浓缩功能受到影响，对于儿童来说，肾脏浓缩功能本就相对较弱，慢性肾盂肾炎会进一步加重这种情况，影响其尿液的正常浓缩稀释功能。
2.全身症状：可出现乏力、食欲不振、低热等，长期患病的患者可能会有消瘦等表现，这是由于慢性炎症消耗机体能量，且患者长期受疾病困扰，食欲等受到影响，营养摄入不足等多种因素导致。对于儿童患者，长期的慢性肾盂肾炎还可能影响其生长发育，因为身体处于慢性消耗状态，营养物质不能很好地用于生长发育。
3.肾脏功能损害表现：随着病情进展，可出现肾功能减退，表现为夜尿增多，这是因为肾小管浓缩功能受损，导致夜间排尿次数增加；严重时可出现水肿，先从眼睑、颜面开始，逐渐波及全身，这是由于肾功能减退，水钠潴留引起。对于老年患者，本身肾功能就可能随着年龄增长而逐渐减退，慢性肾盂肾炎会进一步加速肾功能的恶化，更容易出现水肿等肾功能损害相关表现。
