肠结核主要由结核分枝杆菌引起，感染途径有经口感染（最常见，健康人食入污染食物或水致感染，儿童易因不良习惯和低免疫力感染）、血行播散（其他部位结核病灶结核菌入血达肠道，全身性血行播散型结核常见，免疫力低下者风险高）、直接蔓延（周围器官结核病灶直接累及肠道，如盆腔结核蔓延至肠道，有盆腔结核病史女性需关注肠道）。
一、胃肠道感染
经口感染：这是肠结核最常见的感染途径。健康人食用了被结核分枝杆菌污染的食物或饮用水后，结核分枝杆菌可进入胃肠道引发感染。例如，患有开放性肺结核的患者，经常吞咽含有结核分枝杆菌的痰液，就可能导致肠结核。在儿童中，若生活环境中存在结核病患者，且儿童有不良的卫生习惯，如手口接触等，经口感染肠结核的风险相对较高。对于年龄较小的儿童，由于其免疫力相对较低，家长若不注意饮食卫生，让儿童接触到被污染的食物，更容易引发感染。
二、血行播散
结核分枝杆菌可通过血液循环播散至肠道。当身体其他部位存在结核病灶，如肺结核、骨结核等，结核分枝杆菌可进入血液循环，随着血流到达肠道，在肠道内定植并引起肠结核。这种感染途径在全身性血行播散型结核中较为常见。对于患有其他部位活动性结核的患者，尤其是免疫力低下的人群，如老年人、长期使用免疫抑制剂的患者等，血行播散导致肠结核的风险增加。老年人由于身体机能衰退，免疫力下降，更容易受到血行播散来的结核分枝杆菌的侵袭；长期使用免疫抑制剂的患者，其自身免疫系统受到抑制，对结核分枝杆菌的抵抗力减弱，血行播散后发生肠结核的可能性增大。
三、直接蔓延
周围器官的结核病灶可直接蔓延至肠道。例如，盆腔结核可直接蔓延累及肠道，女性患者盆腔内的结核病灶可能逐渐侵蚀周围组织，进而波及肠道。对于有盆腔结核病史的女性患者，需要密切关注肠道情况，因为存在直接蔓延引发肠结核的可能。这类患者应定期进行肠道相关检查，以便早期发现可能出现的肠结核病变。
