子宫腺肌病根本病理基础是基底层子宫内膜侵入肌层并生长，异位内膜周期性出血刺激周围肌层细胞增生致子宫增大、痛经等表现，妊娠分娩及宫腔操作可致子宫肌层损伤使内膜侵入，雌激素水平持续较高会刺激内膜增生增异位几率，部分研究发现其有家族聚集现象提示遗传易感性可能起作用，机体免疫功能异常致对内膜免疫监视清除作用减弱使异位内膜存活生长参与发病。
一、子宫内膜异位至肌层
正常情况下，子宫内膜覆盖子宫腔面，当各种原因导致基底层子宫内膜侵入子宫肌层并生长，便形成子宫腺肌病。这是其发病的根本病理基础，异位的内膜组织在肌层内周期性出血、刺激周围肌层细胞增生，导致子宫增大、痛经等一系列临床表现。
二、子宫肌层损伤
1.妊娠分娩相关：多次妊娠及分娩过程中，子宫肌层受到机械性损伤，如剖宫产时子宫肌层切开、经阴道分娩时产程过长或助产等，使得基底层子宫内膜细胞有机会侵入肌层。经产妇由于经历多次妊娠分娩，子宫肌层损伤累积风险增高，发病概率相对高于未产妇。
2.宫腔操作影响：人工流产、刮宫等宫腔手术也可能损伤子宫肌层，导致内膜基底细胞侵入肌层，从而诱发子宫腺肌病。这类操作造成的子宫肌层损伤虽不如妊娠分娩直接，但也会增加发病可能性。
三、雌激素水平相关
体内雌激素水平持续处于较高状态时，会刺激子宫内膜增生，进而增加内膜异位至肌层的几率。育龄期女性因雌激素分泌活跃，若雌激素调节失衡，更易受其影响而发病。例如长期服用含有雌激素的药物、肥胖导致雌激素代谢异常等情况，都可能使体内雌激素水平升高，促进子宫腺肌病的发生。
四、遗传因素
部分研究发现，子宫腺肌病存在家族聚集现象，提示遗传易感性可能在发病中起作用。若家族中有亲属患子宫腺肌病，个体发病风险可能较无家族史者有所增高，但具体遗传机制尚需进一步深入研究明确。
五、免疫因素
机体免疫功能异常时，对内膜的免疫监视清除作用减弱，使得异位的内膜组织得以存活生长，从而引发子宫腺肌病。当免疫系统不能正常识别并清除异位的内膜细胞时，这些内膜细胞便在肌层内持续生长，参与疾病的发生发展过程。
