PNH与自身免疫性溶血性贫血鉴别可依据Coombs试验及GPI锚连蛋白情况，与遗传性球形红细胞增多症鉴别靠外周血涂片及GPI锚连蛋白表达，与地中海贫血鉴别通过检测GPI锚连蛋白及基因，与药物性溶血性贫血鉴别看用药史及GPI锚连蛋白，儿童患者需细致各项检查综合判断，不同人群鉴别结合各自病史等。
一、与自身免疫性溶血性贫血的鉴别
自身免疫性溶血性贫血患者Coombs试验多呈阳性，其发病机制是自身抗体介导红细胞破坏。而阵发性睡眠性血红蛋白尿（PNH）患者Coombs试验通常阴性，且PNH是因造血干细胞PIG-A基因突变致糖化磷脂酰肌醇（GPI）锚连蛋白缺乏，使红细胞、粒细胞和血小板等细胞膜上的CD55、CD59等GPI锚连蛋白缺失，易被补体攻击破坏，通过检测血细胞表面GPI锚连蛋白表达情况可辅助鉴别，自身免疫性溶血性贫血患者不存在此类蛋白缺乏情况。
二、与遗传性球形红细胞增多症的鉴别
遗传性球形红细胞增多症为常染色体显性遗传的红细胞膜缺陷性溶血性贫血，外周血涂片可见球形红细胞增多，红细胞渗透脆性试验增高。PNH患者外周血涂片一般无典型球形红细胞，主要通过检测GPI锚连蛋白表达情况鉴别，PNH患者相关细胞的CD55、CD59等表达明显降低，而遗传性球形红细胞增多症患者不存在该蛋白缺乏现象。
三、与地中海贫血的鉴别
地中海贫血是珠蛋白生成障碍性贫血，表现为小细胞低色素性贫血，血红蛋白电泳可发现异常血红蛋白带，如α地中海贫血或β地中海贫血有各自特征性电泳表现。PNH是克隆性造血干细胞缺陷导致的溶血性疾病，通过检测GPI锚连蛋白及基因检测等区分，地中海贫血患者不存在GPI锚连蛋白缺乏情况，可借此进行鉴别。
四、与药物性溶血性贫血的鉴别
药物性溶血性贫血有明确用药史，停用相关药物后溶血可能减轻，而PNH是自身克隆性疾病，与用药史无直接关联。通过详细询问用药史及相关实验室检查，如GPI锚连蛋白检测等可鉴别，药物性溶血性贫血患者无PNH所特有的GPI锚连蛋白缺乏情况。
对于不同人群，儿童PNH患者临床表现可能不典型，需更细致进行各项实验室检查综合判断；女性与男性患者在鉴别上无性别特异性差异，但需结合各自病史等；有特殊生活方式或既往病史者，鉴别时要充分考虑既往病史对检查结果的影响，比如有自身免疫性疾病病史者需谨慎区分自身免疫性溶血性贫血与PNH。
