肠结核症状因病情等不同有差异，常见腹痛（右下腹隐痛钝痛，进餐诱发、餐后加重伴便意排便后缓解，增生型或肠梗阻时呈持续性绞痛伴腹胀等）、腹泻与便秘（溃疡型多腹泻，粪便糊样，增生型多便秘）、腹部肿块（增生型右下腹中等质地固定轻压痛肿块，溃疡型合并粘连也可触及但少见）、全身症状和肠外结核表现（溃疡型有结核毒血症及午后低热等，可伴肠外结核如肺结核等相应症状），有相关症状且有结核接触史或既往结核病史者应及时就医做相关检查明确。
腹痛：多位于右下腹，因肠结核好发于回盲部。疼痛性质一般为隐痛或钝痛，有时在进餐时诱发，与进餐引起胃肠反射有关；餐后疼痛加重，伴便意，排便后可缓解，这是因为进餐促使病变肠段痉挛或蠕动加强。如果是增生型肠结核或并发肠梗阻，腹痛可呈持续性绞痛，并伴有腹胀、肠鸣音亢进、肠型与蠕动波等表现。对于儿童患者，由于其痛觉感知和表达与成人不同，可能表现为哭闹不安等。
腹泻与便秘：腹泻是溃疡型肠结核的常见症状之一，每日排便数次至十余次不等，粪便呈糊样，一般不含黏液或脓血，重者可含少量黏液、脓液，但便血少见。而增生型肠结核多以便秘为主要表现。这是因为溃疡型肠结核病变肠段的炎症和溃疡使肠功能紊乱，导致腹泻；增生型肠结核则因肠腔狭窄，肠内容物通过受阻，从而出现便秘。女性患者在月经周期等生理因素影响下，可能会对肠道功能产生一定影响，进而使腹泻或便秘的表现有所变化。
腹部肿块：多见于增生型肠结核，常位于右下腹，质地中等，比较固定，伴有轻至中度压痛。这是由于肠壁局部增厚形成肿块所致。如果是溃疡型肠结核合并有周围组织粘连，也可能在腹部触及肿块，但这种情况相对少见。对于老年患者，腹部肿块的触及可能需要更仔细的体格检查和辅助检查来明确。
全身症状和肠外结核表现：溃疡型肠结核常有结核毒血症，表现为午后低热、盗汗、乏力、消瘦、贫血等。患者可出现间断或持续性发热，体温一般在37.5-38.5℃左右。长期的结核毒血症还可导致患者营养状况下降，儿童患者可能会影响生长发育。此外，患者还可同时伴有肠外结核，如肺结核等，出现相应的症状，比如肺结核患者会有咳嗽、咳痰、咯血等表现。
如果出现上述相关症状，尤其是有结核接触史或既往有结核病史的人群，应及时就医进行相关检查，如结核菌素试验、γ干扰素释放试验、结肠镜检查及病理活检等，以明确是否为肠结核。
