怀孕三个月肚子疼可能是生理性或病理性原因引起。生理性的是子宫增大牵拉韧带致隐痛；病理性的包括先兆流产（伴阴道少量流血、下腹部隐痛或坠胀）、宫外孕（一侧下腹部隐痛或撕裂样剧痛伴阴道大量流血）、肠胃不适（伴腹泻等）、泌尿系统疾病（伴尿频尿急尿痛等），孕妇需及时就医检查并采取相应措施，孕期要注意休息、生活习惯和饮食卫生。
一、生理性腹痛
（一）子宫增大
怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会牵拉周围的韧带，从而引起腹部隐痛。这是一种正常的生理现象，一般疼痛较轻微，不伴有其他不适症状。女性怀孕后，随着孕周增加子宫不断生长，韧带受到牵拉是常见情况，多数人可以耐受。
二、病理性腹痛
（一）先兆流产
1.原因：可能与胚胎染色体异常、孕妇内分泌异常（如黄体功能不全等）、孕妇患有全身性疾病（如严重感染、高热等）、免疫功能异常、孕妇不良生活习惯（如过量吸烟、酗酒、过度劳累等）等因素有关。
2.表现：除了腹痛外，还可能伴有阴道少量流血。腹痛可表现为下腹部隐痛或胀痛，疼痛程度不一，有的孕妇可能仅有腹部坠胀感。这种情况需要及时就医进行保胎治疗等处理。
（二）宫外孕
1.原因：通常是由于输卵管炎症等导致输卵管管腔不畅，受精卵在输卵管等部位着床发育。
2.表现：多为一侧下腹部隐痛或酸胀感，若宫外孕发生破裂，会出现一侧下腹部撕裂样剧痛，同时伴有阴道大量流血，严重时可导致休克。宫外孕是妇产科急症，需立即处理。
（三）肠胃不适
1.原因：怀孕后孕妇体内激素水平变化可能影响胃肠道功能，再加上孕期饮食结构改变等，容易出现肠胃不适。比如食用了不洁食物或不易消化的食物，可引起腹痛、腹泻等症状；或者本身有胃肠道疾病，孕期复发。
2.表现：腹痛可伴有腹泻、恶心、呕吐等症状，疼痛部位多在脐周等胃肠道相关部位。
（四）泌尿系统疾病
1.原因：孕期增大的子宫可能压迫输尿管等，导致泌尿系统感染等疾病。如肾盂肾炎，是由于细菌感染等引起。女性孕期生理结构改变，容易发生泌尿系统感染。
2.表现：除腹痛外，可能伴有尿频、尿急、尿痛，甚至发热等症状，腹痛部位多与泌尿系统相关，如腰部等。
如果怀孕三个月出现肚子疼，孕妇应及时就医，通过详细的检查，如妇科检查、超声检查、血液检查等，明确腹痛原因，并采取相应的处理措施。同时，孕妇在孕期要注意休息，保持良好的生活习惯，避免剧烈运动和过度劳累，注意饮食卫生等，以保障自身和胎儿的健康。
