肝内胆管结石有无症状期和有症状期表现，无症状期部分患者体检偶然发现；有症状期可出现腹痛（右上腹或上腹部隐痛、胀痛或绞痛，可放射，程度各异）、黄疸（胆道梗阻合并感染时皮肤巩膜黄染等，程度与梗阻相关）、发热（胆道感染引起，程度不同，可反复）、消化道症状（恶心、呕吐、食欲不振等，因胆汁分泌排泄受影响致消化功能受影响）、肝区不适（肝区隐痛、胀痛等，与结石位置及肝组织病理改变等有关）。
部分肝内胆管结石患者在疾病早期可能没有明显症状，仅在体检做超声等影像学检查时偶然发现。这是因为结石较小且未引起胆道梗阻或感染，对肝脏功能及胆道系统的影响尚不显著，机体没有明显的不适反应。例如，一些老年患者如果基础健康状况较好，结石长期处于稳定状态，可能长时间没有自觉症状。
有症状期表现
腹痛：是较为常见的症状。多表现为右上腹或上腹部隐痛、胀痛或绞痛。疼痛原因主要是结石引起胆道梗阻，导致胆管内压力升高，刺激胆管平滑肌痉挛。疼痛可向右肩部或背部放射，疼痛程度因人而异，有的患者疼痛较轻，仅为间歇性隐痛，有的患者疼痛剧烈，呈持续性绞痛，发作时可能影响患者的日常生活和工作。比如，进食油腻食物后，由于胆囊收缩，结石移动刺激胆管，可诱发腹痛发作。
黄疸：当结石引起胆道梗阻合并感染时，可出现黄疸。表现为皮肤和巩膜黄染，尿液颜色加深，呈浓茶色，粪便颜色变浅。这是因为胆道梗阻后，胆汁排泄受阻，胆红素反流入血所致。黄疸的程度与胆道梗阻的程度相关，梗阻较轻时，黄疸可能较轻，仅表现为皮肤轻度黄染；梗阻较重时，黄疸可较为明显。例如，儿童患者如果发生肝内胆管结石并梗阻感染，黄疸表现可能相对明显，且由于儿童肝脏代谢等功能特点，需要密切关注黄疸变化情况。
发热：常因胆道感染引起。患者可出现不同程度的发热，体温可升至38℃以上，多为弛张热或稽留热。发热是机体对感染的一种免疫反应，当胆道内细菌感染时，炎症刺激机体释放致热原，导致体温升高。如果感染未能得到及时控制，发热可能反复出现。对于老年患者，由于机体免疫力相对较低，发热时更需要密切监测体温变化及感染情况，防止出现感染加重等严重并发症。
消化道症状：患者可出现恶心、呕吐、食欲不振等消化道症状。这是因为胆道疾病影响了胆汁的分泌和排泄，进而影响了消化功能。胆汁是参与脂肪消化的重要消化液，胆道梗阻后胆汁分泌和排泄异常，导致脂肪消化吸收障碍，从而引起消化道不适症状。例如，一些肥胖人群如果患有肝内胆管结石，本身消化功能相对较弱，加上结石引起的胆道问题，消化道症状可能更为明显，需要注意调整饮食结构来缓解症状。
肝区不适：患者可感觉肝区有隐痛、胀痛或闷胀等不适感觉。这与结石在肝内胆管内的位置、是否引起局部肝脏组织的病理改变等因素有关。结石长期刺激胆管，可能导致胆管周围炎症、肝组织纤维化等，从而引起肝区的不适感觉。对于有长期饮酒史或患有其他肝脏基础疾病的患者，肝区不适可能更容易被忽视，但实际上可能与肝内胆管结石有关，需要进一步检查明确。
