阴茎珍珠疹确切病因未完全明确，可能与生理发育变异（包括阴茎冠状沟部位生理结构因素及包皮过长或包茎影响）和局部刺激因素（包括摩擦刺激及炎症刺激）有关。
生理发育变异
解剖结构因素：阴茎冠状沟部位的生理结构特点可能是诱发因素之一。男性阴茎冠状沟处有丰富的皮脂腺等结构，局部的生理发育差异可能导致珍珠疹的形成。从解剖学角度看，该部位的皮肤黏膜组织在生长发育过程中，可能出现局部的小差异，进而引发珍珠疹。这种情况在不同年龄、不同性别的男性中都可能存在，主要是基于个体自身的生理发育特点。
包皮过长或包茎影响：包皮过长或包茎的男性，局部卫生不易保持，包皮垢等容易积聚在冠状沟部位。长期的慢性刺激可能影响局部的正常生理状态，从而增加阴茎珍珠疹的发生风险。例如，有研究发现，包皮过长的男性中阴茎珍珠疹的发生率相对高于包皮正常的男性。这是因为包皮过长或包茎会使局部环境相对潮湿、温暖，有利于一些潜在因素对局部组织产生刺激，影响其正常代谢等过程，最终导致珍珠疹的出现。
局部刺激因素
摩擦刺激：性生活频繁、过度手淫等情况可能导致阴茎局部受到较多的摩擦刺激。反复的摩擦会对阴茎冠状沟部位的皮肤黏膜造成一定的损伤和刺激，长期下来可能诱发阴茎珍珠疹。比如，性生活中过于激烈的摩擦或者手淫时用力不当，都可能对局部组织产生影响。不同年龄和生活方式的男性，若存在频繁的性活动相关行为，其发生阴茎珍珠疹的概率可能会有所不同。年轻且性生活较频繁的男性相对可能更易受到这种摩擦刺激的影响。
炎症刺激：局部的炎症反应也可能与阴茎珍珠疹的形成有关。如尿道炎、包皮龟头炎等疾病，炎症产生的炎性分泌物等会刺激阴茎冠状沟部位的组织，长期的炎症刺激可能干扰局部组织的正常生理功能，进而促使阴茎珍珠疹的出现。对于有泌尿系统炎症病史或者局部有炎症情况的男性，其发生阴茎珍珠疹的风险可能相对较高。不同病史的男性，若曾经有过泌尿系统炎症，在后续的生理过程中，局部组织更容易受到相关因素影响而引发珍珠疹。
