基孔肯雅热导致胎儿畸形或流产的风险较低，但孕期感染可能增加早产、低出生体重等不良妊娠结局，需密切监测并积极干预。
目前研究未发现基孔肯雅病毒具有直接致畸性，也鲜有胎儿畸形病例报告。病毒主要通过蚊虫叮咬传播，垂直传播率（母婴传播）为1%-5%，且多数感染发生在孕晚期，此时胎儿器官已发育成熟，因此先天畸形的风险极小。不过，孕妇感染后若出现高热、全身炎症反应，可能诱发子宫收缩或胎盘功能异常，进而增加流产（孕早期）或早产（孕中晚期）风险，研究显示感染孕妇早产率为5%-10%。
预防关键在于孕期防蚊（如使用蚊帐、驱蚊剂）及避免前往疫区。若孕妇确诊感染，需密切监测体温、胎动及胎儿发育，通过物理降温、补液等支持治疗控制症状，必要时在医生指导下使用对乙酰氨基酚退热，以降低不良妊娠结局风险。
