阿米巴肝脓肿有全身症状如长期发热、全身不适乏力消瘦，局部症状有肝区疼痛、肝脏肿大，儿童患者全身症状更突出、肝区疼痛表述不清晰，老年患者全身症状不典型、肝区疼痛不典型，还可能出现脓肿破溃等并发症，向胸腔破溃致脓胸、向腹腔破溃致腹膜炎、向心包破溃致心包填塞等。
发热：多为长期发热，体温可呈弛张热或间歇热，体温波动较大，一天内体温差可达数度。一般体温在38-39℃，也可高达39℃以上。例如，部分患者会出现午后开始发热，夜间盗汗，清晨热退的情况，这与阿米巴原虫在体内代谢产物等引起的机体免疫反应有关。
全身不适、乏力、消瘦：由于感染和机体消耗，患者会感到全身乏力，活动耐力下降，体重逐渐减轻，精神状态欠佳。这是因为阿米巴肝脓肿导致机体处于慢性消耗状态，营养物质消耗增加而摄入相对不足。
局部症状
肝区疼痛：是阿米巴肝脓肿最常见的局部症状，疼痛多位于右上腹，可向右肩背部放射。疼痛性质多为持续性胀痛或钝痛，疼痛程度因人而异。例如，有的患者疼痛较为剧烈，影响睡眠和日常活动；而有的患者疼痛相对较轻，但仍能感觉到肝区的不适。疼痛的机制主要是脓肿增大刺激肝包膜，炎症波及周围组织。
肝脏肿大：体检时可发现肝脏肿大，右季肋部饱满，有压痛。肝脏肿大的程度与脓肿的大小有关，随着病情进展，肝脏肿大可较为明显，有时可在右季肋部触及肿大的肝脏。
特殊人群表现
儿童患者
儿童阿米巴肝脓肿可能全身症状更为突出，发热可能更急骤，体温升高幅度较大，同时可能伴有呕吐、腹泻等消化道症状，容易被误诊为其他儿科疾病。这是因为儿童免疫系统尚未完全发育成熟，对感染的反应相对更强烈，而且儿童表达症状的能力有限，往往以非特异性症状为主。
肝区疼痛表述可能不清晰，可能仅表现为哭闹、腹部不适等，需要医护人员仔细检查和鉴别。
老年患者
老年患者阿米巴肝脓肿的全身症状可能相对不典型，发热可能不高，或者体温波动不明显，全身不适、乏力等症状可能被老年人本身的基础疾病所掩盖。例如，老年患者可能本身有慢性心肺疾病等，其乏力等表现可能被误认为是基础疾病所致，而忽略了肝脓肿的可能。
肝区疼痛可能不典型，有的老年患者肝区疼痛较轻，或者疼痛部位不明确，容易造成诊断延误。
并发症表现
脓肿破溃
向胸腔破溃：可引起脓胸，患者出现胸痛、咳嗽、咳痰，痰中可能带有脓液，呼吸困难等症状。这是因为脓肿增大，压力增高，突破肝包膜向胸腔破溃，脓液进入胸腔，刺激胸膜和肺组织。
向腹腔破溃：可引起腹膜炎，出现腹痛、腹肌紧张、压痛、反跳痛等腹膜刺激征表现。脓肿破入腹腔后，大量脓液刺激腹膜，引发炎症反应。
向心包破溃：极为罕见，但一旦发生，可引起心包填塞，出现心悸、呼吸困难、血压下降等严重表现，因为心包内积聚大量脓液，压迫心脏，影响心脏的正常功能。
