肝脓肿有全身症状如发热（多为弛张热，伴寒战，不同年龄段表现有差异，长期发热致体力食欲下降）、寒战（细菌感染致应激反应）、乏力（感染致机体高代谢等）；局部症状有肝区疼痛（右上腹或右季肋部胀痛钝痛可放射，肥胖小儿表现不同，累及周围组织疼痛加剧）、肝脏肿大（查体可及，压迫胆道加重黄疸等）；还有消化系统症状如食欲不振、恶心呕吐、腹泻或便秘（与感染致胃肠功能紊乱等有关，基础胃肠病患者症状可加重）；黄疸表现为肝脓肿大压迫胆道致胆道梗阻时出现皮肤巩膜黄染尿色加深，新生儿出现需防胆红素脑病。
发热：是最常见的全身症状，多为弛张热，体温可在38~40℃，伴有寒战，这是因为细菌感染引发机体的免疫反应，致热原释放进入血液循环导致。不同年龄段人群发热表现可能有差异，儿童可能体温波动更大，而老年人可能体温升高不明显但感染风险更高。长期发热会使患者体力下降、食欲减退等。
寒战：与发热常相伴出现，由于细菌在肝内感染繁殖，刺激机体产生强烈的应激反应，导致肌肉不自主收缩而出现寒战，对于有基础疾病如糖尿病的患者，其免疫力相对较低，更容易出现反复寒战的情况。
乏力：患者常感觉全身疲倦、没有力气，活动耐力明显下降，这是因为感染消耗机体能量，机体处于高代谢状态，营养物质消耗增加而摄入相对不足等多种因素导致。
局部症状
肝区疼痛：多表现为右上腹或右季肋部持续性胀痛或钝痛，疼痛可向右肩背部放射，这是因为肝脏炎症刺激肝包膜，通过神经传导引起相应部位疼痛。对于肥胖患者，可能疼痛定位不如常人准确，而小儿由于表述不清，可能表现为哭闹、拒按右上腹等。炎症累及周围组织时，疼痛会加剧，影响患者的日常活动和睡眠。
肝脏肿大：查体可发现肝脏不同程度肿大，右上腹可触及肿大的肝脏，有压痛。肿大的肝脏会压迫周围组织，若压迫胆道可能会加重黄疸等情况，小儿肝脏相对较大，肝区触诊可能更容易发现异常，但小儿配合度差可能影响检查准确性。
其他表现
消化系统症状
食欲不振：患者食欲明显下降，不想进食，这与发热、感染导致胃肠功能紊乱有关，消化酶分泌减少，胃肠蠕动减慢等。老年人本身消化功能就有所减退，再加上肝脓肿的影响，食欲不振情况可能更严重，会导致营养摄入不足，影响康复。
恶心、呕吐：部分患者会出现恶心、呕吐症状，可能是因为感染毒素刺激胃肠道，或者肝脓肿刺激膈肌反射性引起胃肠道反应。小儿呕吐还需注意与其他急腹症鉴别，且小儿呕吐易导致脱水、电解质紊乱等并发症。
腹泻或便秘：少数患者可能出现腹泻或便秘，腹泻是因为感染影响肠道功能，肠道蠕动加快；便秘可能是因为发热、进食少等导致胃肠蠕动减慢。对于有基础胃肠道疾病的患者，如溃疡性结肠炎患者，肝脓肿可能诱发肠道症状加重。
黄疸表现
当肝脓肿较大，压迫胆道系统，导致胆道梗阻时，可出现黄疸，表现为皮肤、巩膜黄染，尿色加深。黄疸的出现提示病情相对较重，可能存在胆道受累等情况。新生儿出现肝脓肿导致黄疸时，需要特别关注胆红素水平，因为新生儿血脑屏障发育不完善，高胆红素容易引起胆红素脑病等严重并发症。
