复杂性肛瘘病因主要与肛周感染（包括化脓性感染和特异性感染）、直肠肛门损伤（包括外伤和医源性损伤）及其他因素（如克罗恩病、溃疡性结肠炎）相关，肛周化脓性感染致脓肿未及时有效治疗易形成，特异性感染如结核杆菌感染在免疫力低下人群易引发，外伤及医源性损伤可致肛管直肠受损引发感染，克罗恩病累及肛周易致复杂肛瘘，溃疡性结肠炎并发肛周病变但致复杂肛瘘几率相对低。
肛周感染
化脓性感染：大部分复杂性肛瘘是由肛周化脓性感染引起的。肠道内的细菌，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等，经肛隐窝进入肛周组织，引发炎症反应。初始表现为肛周脓肿，若脓肿未得到及时有效的治疗，反复破溃、引流不畅，就容易形成复杂性肛瘘。例如，长期腹泻或便秘的人群，肠道菌群易失调，肛隐窝更容易受到细菌侵袭，从而增加肛周感染导致复杂性肛瘘的风险。对于儿童来说，由于其免疫系统发育尚不完善，肛周感染后更易发展为复杂性肛瘘，且儿童患者在护理上需更加精细，要保持肛周清洁，避免感染进一步加重。
特异性感染：某些特异性感染也可导致复杂性肛瘘，如结核杆菌感染。结核杆菌引起的肛周病变，病程相对较长，病变较为隐匿，容易形成多个瘘管和分支，进而发展为复杂性肛瘘。在免疫力低下的人群中，如糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人群，对结核杆菌等病原体的抵抗力较弱，更容易受到特异性感染的影响而引发复杂性肛瘘。糖尿病患者由于血糖控制不佳，局部组织抵抗力下降，一旦发生肛周感染，愈合困难，容易迁延不愈形成复杂性肛瘘，这类患者需要严格控制血糖，同时加强肛周局部的护理。
直肠肛门损伤
外伤：会阴部的外伤，如骑跨伤、异物损伤等，可直接导致肛管直肠受损，细菌趁机侵入，引发感染，进而形成肛瘘。对于从事特殊职业，如建筑工人、运动员等，由于工作或运动中容易发生会阴部外伤，增加了复杂性肛瘘的发病风险。在运动过程中如发生骑跨伤，若处理不及时，就可能引发肛周感染并发展为复杂性肛瘘，这类人群在运动时需注意保护会阴部，避免外伤。
医源性损伤：在医疗操作过程中，如直肠指诊、内镜检查、肛管直肠手术等，若操作不当，可能会导致肛管直肠损伤，从而引起感染形成肛瘘。例如，内痔手术时若损伤肛管皮肤，就可能引发肛周感染，进而发展为复杂性肛瘘。对于老年患者，由于其组织修复能力相对较弱，医源性损伤后发生复杂性肛瘘的风险可能更高，在进行肛肠相关医疗操作时，医生需更加精细操作，避免医源性损伤的发生。
其他因素
克罗恩病：克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道的任何部位，当累及肛周时，容易出现肛周脓肿、肛瘘等并发症，且多为复杂性肛瘘。克罗恩病的发病机制与免疫异常有关，肠道的炎症反应持续存在，导致肛周组织反复受损，形成多个瘘管和复杂的病变结构。对于克罗恩病患者，需要长期进行综合治疗，包括药物治疗、营养支持等，以控制肠道炎症，减少复杂性肛瘘的发生风险。
溃疡性结肠炎：溃疡性结肠炎是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，主要累及直肠和结肠。部分溃疡性结肠炎患者可并发肛周病变，如肛瘘、肛周脓肿等，但相对克罗恩病来说，其引发复杂性肛瘘的几率相对较低。溃疡性结肠炎的发病与肠道免疫失衡、遗传因素等有关，肠道炎症可蔓延至肛周，导致肛周组织感染形成肛瘘，患者需要规范治疗溃疡性结肠炎，控制肠道炎症活动，降低肛周并发症的发生。
