羊水穿刺是有一定危险程度的产前诊断方法，总体严重危险概率低，但有流产（发生率约0.5%-1%，特殊情况如前置胎盘等风险升高）、感染（概率约0.1%左右，穿刺前有生殖道感染等情况会增加几率）、损伤（损伤胎儿等概率极低，肥胖等特殊体型或子宫位置孕妇风险可能升高）风险，对有产前诊断指征人群获益常大于风险，前会详细评估告知风险。
流产风险：羊水穿刺导致流产的发生率约为0.5%-1%。这是因为穿刺过程中可能会刺激子宫引起宫缩，从而增加流产的可能性。一般在妊娠16-22周进行羊水穿刺时，流产风险相对较低，随着孕周增加，流产风险会有一定变化，但总体处于较低水平。对于有前置胎盘、胎盘位置异常等特殊情况的孕妇，流产风险可能会相对升高，因为这些情况本身就增加了操作的难度和子宫受到刺激的风险。
感染风险：发生感染的概率非常低，约为0.1%左右。主要是由于穿刺过程中没有严格遵守无菌操作规范，细菌等病原体侵入宫腔引起感染。如果孕妇在穿刺前存在生殖道感染等情况，会增加感染的发生几率。例如孕妇有阴道炎等情况，在未经治疗的情况下进行羊水穿刺，就可能将阴道内的病原体带入宫腔导致感染。
损伤风险：可能会损伤胎儿、胎盘或孕妇的脏器等。损伤胎儿的概率极低，约为0.1%以下；损伤胎盘可能会引起胎盘早剥等情况，其发生概率也较低；损伤孕妇脏器如肠管等的概率非常低。但在操作过程中，医生会尽量精准操作来避免这些情况的发生。对于肥胖、子宫位置异常等特殊体型或子宫位置的孕妇，操作难度增加，损伤的风险可能会有一定程度的升高，因为这类孕妇在超声引导下定位等操作相对困难。
羊水穿刺是一种有一定医疗风险的操作，但对于需要进行产前诊断来排除胎儿染色体异常等情况的孕妇来说，其获益往往大于风险。在进行羊水穿刺前，医生会详细评估孕妇的情况，包括孕周、身体状况、既往病史等，充分告知孕妇可能存在的风险，孕妇可以在了解风险后根据自身情况做出决策。对于高龄孕妇、曾生育过染色体异常患儿的孕妇等有产前诊断指征的人群，更需要权衡利弊后选择是否进行羊水穿刺检查。
