肠道菌群失调症有消化系统和全身症状，消化系统症状包括腹泻、便秘、腹痛、腹胀；全身症状有营养不良、免疫力下降。
腹泻：是肠道菌群失调常见的症状之一，可表现为稀便、水样便等。例如，肠道内有益菌减少，有害菌或条件致病菌大量繁殖，会影响肠道的正常吸收和分泌功能，导致水分和电解质紊乱，进而引起腹泻。不同年龄段人群腹泻表现可能有差异，儿童肠道菌群相对脆弱，发生肠道菌群失调时腹泻可能更为频繁，严重时可出现脱水等情况；成年人腹泻可能与饮食、生活方式改变等因素诱发肠道菌群失调有关。
便秘：部分肠道菌群失调患者会出现便秘症状。肠道菌群失调可能影响肠道的蠕动功能，有害菌产生的一些物质可能抑制肠道蠕动，使粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，导致大便干结，排出困难。老年人肠道功能本身相对较弱，发生肠道菌群失调时更容易出现便秘问题，因为老年人肠道蠕动能力下降，菌群失调进一步加重了肠道蠕动的紊乱。
腹痛：患者可能会感到腹部隐痛或胀痛等不适。肠道菌群失调引起肠道功能紊乱，可能导致肠道痉挛或肠道内环境改变刺激肠道神经，从而引发腹痛。生活方式不规律，如长期熬夜、饮食无规律的人群，肠道菌群容易失调，进而出现腹痛症状的风险增加；有肠道病史的人，肠道黏膜等已有一定损伤，发生菌群失调时更易出现腹痛。
腹胀：肠道内菌群失调会影响气体的代谢和排出，导致肠道内气体积聚，引起腹胀。比如，一些产气的细菌过度繁殖，会产生较多气体，而肠道的正常气体排出功能受到影响时，就会出现腹胀。女性在生理期前后激素水平变化可能影响肠道功能，更容易发生肠道菌群失调导致腹胀；肥胖人群由于肠道环境特点，也较易出现肠道菌群失调相关的腹胀症状。
全身症状
营养不良：肠道菌群失调会影响营养物质的消化吸收，长期可导致营养不良。例如，肠道对维生素、蛋白质、碳水化合物等营养物质的吸收障碍，会出现消瘦、乏力、皮肤干燥等表现。儿童处于生长发育阶段，若发生肠道菌群失调影响营养吸收，会严重影响身高、体重的增长；老年人由于本身消化吸收功能减退，发生菌群失调后营养不良的情况可能更为严重，易出现体质虚弱等问题。
免疫力下降：肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会影响肠道免疫功能，进而导致全身免疫力下降。肠道内有益菌可以调节免疫系统，当有益菌减少时，免疫系统受到影响，容易出现反复感冒、感染等情况。患有基础疾病，如糖尿病、慢性肾病等的人群，本身免疫力相对较低，发生肠道菌群失调后免疫力下降更明显，更容易遭受病原体侵袭。
