新生儿便秘可因母亲膳食纤维摄入过少致母乳喂养儿受影响、人工喂养儿配方奶中酪蛋白比例高难消化引发、消化道发育异常如先天性巨结肠使粪便难通过、神经肌肉功能异常致肠道蠕动减慢、生活环境改变及温湿度变化影响、甲状腺功能减退致代谢慢肠道蠕动减而导致。
一、饮食因素
（一）母乳喂养相关
若母亲饮食中膳食纤维摄入过少，会影响母乳成分，可能致使母乳喂养的新生儿出现便秘情况。因为膳食纤维可促进肠道蠕动，母亲膳食纤维摄入不足会使母乳中相关促进肠道蠕动的成分相对缺乏，进而影响新生儿肠道功能。
（二）人工喂养相关
人工喂养的新生儿，若配方奶中酪蛋白比例较高，其较难消化，易引发便秘。配方奶的成分与母乳有差异，酪蛋白相对不易被新生儿消化吸收，可能导致肠道内食物通过缓慢，从而引发便秘。
二、消化道发育异常
先天性巨结肠是较为常见的因消化道发育异常导致新生儿便秘的情况。该病症是由于结肠缺乏神经节细胞，使得肠管持续痉挛，粪便无法正常通过，造成粪便在肠道内积聚，引发便秘，这属于结构性的肠道发育异常问题。
三、神经肌肉功能异常
神经系统疾病可能影响肠道的神经调节功能，导致肠道蠕动减慢，进而引起便秘。例如某些先天性的神经系统发育缺陷，会干扰肠道正常的神经传导，使得肠道蠕动不能正常进行，粪便在肠道内停留时间过长，引发便秘。
四、环境因素
新生儿生活环境的改变，如从熟悉的环境到新环境，可能会影响其排便习惯，若未及时养成良好的排便习惯，也可能导致便秘。另外，周围环境的温度、湿度等变化，虽然不是直接导致便秘的根本原因，但可能间接影响新生儿的肠道功能，从而引发便秘相关问题。
五、内分泌代谢疾病
甲状腺功能减退症可导致新生儿便秘。甲状腺激素分泌不足会使机体代谢减慢，包括肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间延长，进而引发便秘。这是由于甲状腺激素对维持正常的生理代谢，包括肠道蠕动等功能起着重要作用，分泌不足时会出现功能异常。
