引起发烧伴肌肉酸痛的因素分为感染性和非感染性。感染性因素有病毒感染（如流感病毒、腺病毒等）和细菌感染（如链球菌、肺炎链球菌等）；非感染性因素包括自身免疫性疾病（如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等）、中暑、药物不良反应等，不同因素在不同人群中的表现有差异。
流感病毒：是常见引起发烧伴肌肉酸痛的病原体之一。流感病毒感染人体后，会在体内大量繁殖，刺激机体免疫系统产生炎症反应，同时病毒产生的毒素等物质会作用于肌肉组织，导致肌肉酸痛。例如，季节性流感流行时，很多患者会出现高热，体温可达到39℃-40℃，同时伴有全身肌肉酸痛，尤其是四肢肌肉较为明显。不同年龄段人群感染流感病毒后表现可能有差异，儿童感染流感后除了发热、肌肉酸痛，还可能出现呕吐、腹泻等消化道症状；老年人感染后病情相对更重，肌肉酸痛可能持续时间较长，且更易引发肺炎等并发症。
其他病毒：如腺病毒感染也可引起发烧肌肉酸痛，腺病毒感染的患者发热可持续数天，体温波动，同时伴有全身肌肉酸痛、头痛等症状。对于免疫功能正常的人群，腺病毒感染引起的肌肉酸痛一般在发热消退后会逐渐缓解，但对于免疫缺陷人群，病情可能较为严重。
细菌感染：
链球菌感染：A组链球菌感染可引起猩红热等疾病，患者会出现高热，体温可达39℃左右，同时伴有全身肌肉酸痛，还会有典型的皮疹表现。儿童是链球菌感染的高发人群，感染后若不及时治疗，可能会引发风湿热等并发症，此时肌肉酸痛可能会持续存在，并且影响关节等部位。
其他细菌：肺炎链球菌引起肺炎时，患者除了有咳嗽、咳痰、发热等症状外，也可能出现全身肌肉酸痛，这是因为细菌感染引发机体的炎症反应，炎症介质释放导致肌肉酸痛。不同年龄人群感染细菌后的表现有所不同，婴幼儿感染细菌后发热可能不典型，肌肉酸痛的表现也可能被其他症状掩盖，需要仔细观察。
非感染性因素
自身免疫性疾病：
类风湿关节炎：虽然类风湿关节炎主要表现为关节的慢性炎症，但在病情活动期也可能出现发热，体温一般为低热或中度发热，同时伴有全身肌肉酸痛。这种疾病好发于中年女性，病情呈慢性进展，肌肉酸痛会随着关节炎症的变化而波动，长期患病会导致关节畸形和功能障碍，影响患者的生活质量，不同年龄的类风湿关节炎患者，肌肉酸痛的程度和对生活的影响程度可能因病情进展速度等因素而有所不同。
系统性红斑狼疮：是一种累及多系统的自身免疫性疾病，患者可出现发热，热型不定，同时伴有全身肌肉酸痛。系统性红斑狼疮多见于育龄女性，病情复杂多变，肌肉酸痛可能是其全身症状的一部分，在病情活动时更为明显，且可能影响患者的肌肉力量和活动能力，不同年龄段的患者，其发病特点和肌肉酸痛的表现可能存在差异。
中暑：在高温环境下暴露过久，如夏季长时间在户外劳作、运动等，人体散热困难，体温调节中枢功能紊乱，可引起中暑。轻度中暑患者会出现低热、头痛、头晕、全身肌肉酸痛等症状；重度中暑患者体温可迅速升高，伴有意识障碍、抽搐等，此时肌肉酸痛可能更为剧烈，且病情危急。不同年龄人群对高温的耐受能力不同，儿童和老年人更容易发生中暑，且病情可能更严重，儿童中暑后肌肉酸痛可能同时伴有精神萎靡等表现，老年人中暑后肌肉酸痛可能与其他基础疾病相互影响。
药物不良反应：某些药物在使用过程中可能引起发烧肌肉酸痛的不良反应，例如一些抗生素（如青霉素类、喹诺酮类等）、抗癫痫药物等。不同药物引起不良反应的机制不同，有的是药物作为半抗原刺激机体产生免疫反应导致发热和肌肉酸痛，有的是药物影响了肌肉的代谢等。用药人群中不同年龄、性别等因素都会影响药物不良反应的发生，比如儿童使用某些药物时，由于其肝肾功能尚未发育完全，更容易出现药物不良反应导致的发烧肌肉酸痛。
