孕期肝功能异常可由生理性因素、病理性因素及其他因素引起。生理性因素包括孕期代谢变化和激素水平改变；病理性因素有病毒性肝炎（乙肝、丙肝）、妊娠期肝内胆汁淤积症、妊娠急性脂肪肝；其他因素涉及药物和营养，药物可能具肝毒性，营养不均衡或肥胖也会致肝功能异常。
激素水平改变：孕期体内激素水平大幅波动，雌激素等激素水平升高，会影响肝脏的生理功能。雌激素的增多可能会对肝脏的胆汁代谢等产生一定影响，进而可能导致肝功能出现一些变化。这种情况在正常妊娠中较为常见，随着妊娠进展，多数在产后会逐渐恢复正常。
病理性因素
病毒性肝炎：
乙型病毒性肝炎：孕妇感染乙型肝炎病毒后，病毒在体内复制，会累及肝脏，引起肝细胞炎症、坏死等，导致肝功能异常。据相关研究，孕妇乙型肝炎病毒感染率有一定比例，若不及时控制，可能会对母婴健康产生不良影响，如可通过母婴传播使胎儿感染乙肝病毒等。
丙型病毒性肝炎：孕妇感染丙型肝炎病毒后，病毒会在肝脏内持续引起免疫反应，损伤肝细胞，导致肝功能指标异常，如丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天冬氨酸氨基转移酶（AST）等升高。
妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）：
主要发生在妊娠中晚期，病因尚不十分明确，但可能与雌激素、遗传等因素有关。孕妇体内胆汁酸代谢异常，胆汁酸在体内蓄积，会损害肝细胞，导致肝功能异常，同时还会出现皮肤瘙痒等症状。研究表明，ICP患者血清胆汁酸水平明显升高，可达正常孕妇的数倍甚至数十倍，且肝功能指标如ALT、AST等也会有不同程度的升高。
妊娠急性脂肪肝（AFLP）：
这是一种严重的孕期肝脏疾病，多发生在妊娠晚期，尤其是双胎妊娠、妊娠高血压综合征等情况的孕妇中。病因可能与脂肪酸氧化代谢障碍等有关。患者会出现肝功能急剧恶化的情况，血清胆红素迅速升高，同时伴有凝血功能障碍等表现，病情进展迅速，如不及时处理，可危及母婴生命。
其他因素
药物因素：孕期如果使用了一些具有肝毒性的药物，可能会导致肝功能异常。例如某些抗生素、抗结核药物等，在孕期不合理使用时，可能会对肝脏造成损害。不同的药物对肝脏的损伤机制不同，有的可能直接损伤肝细胞，有的可能通过影响肝脏的代谢过程等导致肝功能异常。
营养因素：孕期如果营养不均衡，缺乏某些重要的营养物质，如维生素等，可能会影响肝脏的正常功能。例如，缺乏维生素E、维生素B族等可能会导致肝细胞的代谢功能紊乱，进而引起肝功能异常。另外，过度肥胖的孕妇，由于体内脂肪堆积，也可能增加肝脏的负担，导致脂肪肝等情况，从而出现肝功能异常。
