小儿缺铁性贫血的病因包括铁摄入不足（婴幼儿以乳制品为主食未及时加辅食、儿童挑食偏食致铁摄入少）、铁吸收障碍（胃肠道疾病、食物搭配不合理影响铁吸收）、铁丢失过多（急性失血、慢性失血如肠道畸形等致铁丢失过多）。
一、铁摄入不足
婴幼儿时期：婴儿出生时从母体获得的铁量有限，若以乳制品为主食，而乳类含铁量较低，如人乳含铁量约为1.0mg/L，牛乳含铁量约为0.5mg/L，且吸收率仅为10%左右，若不及时添加富含铁的辅食，容易发生缺铁。例如6个月-2岁的婴幼儿，若未能及时添加含铁丰富的食物，如强化铁的米粉、肉类、豆类等，就易出现铁摄入不足。
儿童时期：儿童挑食、偏食，饮食中缺乏富含铁的食物，如肉类、蛋类、绿叶蔬菜等，也会导致铁摄入不足。
二、铁吸收障碍
胃肠道疾病：如慢性腹泻、肠炎等，会影响铁的吸收。例如患有乳糖不耐受症的儿童，因肠道对营养物质的吸收功能受损，铁的吸收也会受到影响。肠道寄生虫病，如钩虫病，钩虫会吸附在肠道黏膜上，导致肠道慢性失血，同时影响铁的吸收，长期感染钩虫的儿童易发生缺铁性贫血。
食物搭配不合理：某些食物会影响铁的吸收，如谷类中的植酸盐、蔬菜中的草酸盐等可与铁形成不溶性铁盐，抑制铁的吸收。例如长期大量食用谷物类食物，同时蔬菜搭配不当，会影响铁的吸收利用。
三、铁丢失过多
急性失血：如外伤、肠套叠、梅克尔憩室等引起的急性大量失血，会导致铁丢失过多，若未及时补充铁，易引发缺铁性贫血。例如小儿因意外创伤导致大量出血，若后续铁补充不及时，就可能发生缺铁性贫血。
慢性失血：是小儿缺铁性贫血较常见的原因。如肠道畸形、息肉、肛裂等导致的慢性肠道失血，以肠道息肉为例，肠道息肉可反复少量出血，长期慢性失血会使体内铁储备逐渐耗竭，从而引发缺铁性贫血；还有牛奶蛋白过敏引起的肠道慢性出血，部分小儿对牛奶蛋白过敏，肠道会出现慢性出血，进而导致铁丢失过多。此外，频繁鼻出血也可能导致铁丢失过多，长期鼻出血的小儿若未得到有效治疗，易发生缺铁性贫血。
