胎儿畸形形成时间跨度广，怀孕早期（妊娠12周前）是器官系统分化发育关键期，易形成畸形，此期3-8周胚胎期器官原基分化关键，受不良因素、缺乏营养素等会致畸形；怀孕中晚期也有畸形相关情况，高龄孕妇、年轻孕妇接触不良因素、生活方式不良（吸烟、酗酒）、有特殊病史（如糖尿病）孕妇等胎儿畸形风险不同。
怀孕早期（妊娠前3个月）的关键作用
在怀孕第3-8周（胚胎期），是器官原基分化的关键时期，细胞不断分裂、迁移和分化，心脏在怀孕第3周左右开始形成跳动，到第8周时心脏等主要器官的基本结构已大致形成。如果在这个时期孕妇受到某些不良因素影响，比如感染风疹病毒等，风疹病毒可通过胎盘影响胚胎发育，导致胎儿出现先天性心脏病、白内障等多种畸形；孕妇接触某些致畸的化学物质，像苯、甲醛等，也可能干扰胎儿器官的正常分化，引发畸形；孕妇缺乏某些重要营养素，如叶酸缺乏，会增加胎儿神经管畸形（如脊柱裂、无脑儿等）的发生风险。
怀孕中晚期的相关情况
虽然怀孕中晚期胎儿器官已基本形成，但一些结构畸形可能在后期继续发展，例如胎儿的先天性髋关节脱位可能在中晚期随着胎儿的生长发育而逐渐显现出异常；另外，一些染色体异常相关的畸形可能在整个孕期都存在发展变化，不过相对而言，早期的器官分化阶段是畸形发生的最主要敏感时段。然而，需要注意的是，怀孕中晚期如果孕妇患有某些疾病，如妊娠期高血压疾病控制不佳，也可能影响胎儿的血液供应，导致胎儿生长受限等情况，这也可以看作是一种特殊类型的“畸形相关”情况，但并非传统意义上的结构畸形形成，不过也是孕期需要关注的重要问题。
对于不同年龄的孕妇，高龄孕妇（年龄≥35岁）在整个孕期胎儿畸形发生的风险相对较高，尤其是染色体畸形的风险在怀孕早期就需要重点关注，因为随着孕妇年龄增大，卵子质量下降，染色体异常的几率增加；而年轻孕妇如果在怀孕早期接触了不良因素，同样可能面临较高的胎儿畸形风险。生活方式方面，孕妇吸烟、酗酒会显著增加胎儿畸形的发生概率，吸烟的烟雾中含有多种有害物质，如尼古丁等，会影响胎盘的血液灌注和胎儿的发育；酗酒则可能导致胎儿出现胎儿酒精综合征，引起多种畸形和生长发育迟缓等问题。有特殊病史的孕妇，比如既往有糖尿病病史的孕妇，如果血糖控制不佳，在怀孕早期可能会增加胎儿心脏等器官畸形的发生风险，所以这类孕妇需要在孕前和孕期严格控制血糖，以降低胎儿畸形的发生几率。
